將BED文件轉換爲WIG文件

Question

您知道一種輕鬆轉換（通過R或程序）將BED文件轉換爲WIG的方法嗎？

你能給我一些指導嗎？

謝謝!!!!

問候 安娜

Answer 1

看看在rtracklayer包，特別在以下手冊頁：

?import 
?export 

Answer 2

（這可能是一個超級反應遲緩，但因爲我跨過柱來了，我決定舉一個具體的例子。）

這裏是一個具體的例子，我將如何將.bed轉換爲.wig。作爲@Paolo暗示，這是一個直接的過程：

library(rtracklayer) #bioconductor 
bed_loaded <- import(con="~/Downloads/my_bed.bed.gz", format="bed") #no need to unzip .gz 
# bed_loaded <- import.bed(con="~/Downloads/my_bed.bed") #if you unzip 
export.wig(object=bed_loaded, con="~/Downloads/bed2wig.wig") 

請注意，您import和export都有方法（假髮，牀，要人或體重等）。您可以直接使用它們而不指定方法，但指定format參數。

This GitHub tutorial will be helpful。