從文件夾中讀取所有文件並編輯

Question

我想從測試文件夾中讀取所有fasta文件，並將文件的名稱放在單個文件的所有標頭中。代碼爲第一個文件工作，並不繼續第二個文件並返回錯誤。你能幫我找到我的代碼中的錯誤或編輯它。謝謝

import sys, glob, os, string 
header = '' 
check = 0 
path = "./test/" 
dirs = os.listdir(path) 
for file in dirs: 
    fp = open(file, "r") 
    fpx = open('%s_output.txt' % file, 'w') 
    for line in fp: 
     if line.startswith('>'): 
      line = line.rstrip() 
      check = check + 1 
      if check >= 1: 
       header = line 
       fpx.write(header + '_' + file + '\n') 
     else: 
      line = line.rstrip() 
      fpx.write(line + '\n') 

Answer 1

這將是很好，提供您收到的錯誤消息！我認爲這一定會因爲「找不到文件」而失敗，因爲您嘗試按名稱而不是路徑打開文件。嘗試fp = open(os.path.join(path, file), "r")：

import sys, glob, os, string 
header = '' 
check = 0 
path = "./test/" 
dirs = os.listdir(path) 
for file in dirs: 
    fp = open(os.path.join(path, file), "r") 
    fpx = open('%s_output.txt' % file, 'w') 
    for line in fp: 
     if line.startswith('>'): 
      line = line.rstrip() 
      check = check + 1 
      if check >= 1: 
       header = line 
       fpx.write(header + '_' + file + '\n') 
     else: 
      line = line.rstrip() 
      fpx.write(line + '\n')