在mac中刪除行尾的標籤

我有以下製表符分隔的輸入文件。我想刪除行尾的尾部標籤，然後在「文件」中執行該操作，這樣我就不必將修改過的數據輸出到新文件中。原因是有大量的數據，所以我不想效率低下，讀取數據然後再寫出來。在mac中刪除行尾的標籤

Hybridization REF Gene_Symbol Chromosome Genomic_Coordinate TCGA-13-A5FT-01A-11D-A409-05 TCGA-13-A5FU-01A-11D-A409-05 TCGA-29-A5NZ-01A-11D-A409-05 TCGA-3P-A9WA-01A-11D-A409-05 TCGA-59-A5PD-01A-11D-A409-05 TCGA-5X-AA5U-01A-11D-A409-05 TCGA-OY-A56P-01A-12D-A409-05 TCGA-OY-A56Q-01A-11D-A409-05 TCGA-VG-A8LO-01A-11D-A409-05 TCGA-WR-A838-01A-12D-A409-05 
cg00000029 RBL2 16 53468112 0.162232896986279 0.191627667901702 0.0712181967886229 0.0797617926225958 0.134907151266991 0.0541415985613948 0.0898579298345672 0.037865566345129 0.0681542463965581 0.101053013486289 
cg00000108 C3orf35 3 37459206 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 
cg00000109 FNDC3B 3 171916037 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA

要做到這一點，我一直在使用的變化：

sed -i '' 's/\t\n/\n/g' input.txt

但這並不甚至刪除尾隨標籤。我使用Mac OS X，因此沒有GNU。解決辦法是什麼？

EDIT

我已經發布文本文件here

來源

2016-05-01 user3313178

任何假設\t將被sed直接解釋的答案都假設爲GNU sed，這在OSX中並不具備。然而，你有bash，所以你必須爲你的腳本一個簡單的printf轉換：

$ sed -i '' -e $'s/\t$//' input.txt

在這種情況下，腳本被引述展開反斜槓轉義序列的報價。請注意，這是一個BASH特性，我們正在使用它來將東西更明智地放入sed。

在你的問題比較這劇本的變種，我已經把一個美元符號到搜索正則表達式來表示搜索字符串的結尾 - 這個腳本基本上說：

s - 替代品
/\t$ - 任何位於該行末尾的選項卡，
// - 具有空字符串。

我們不需要g（「全局」）選項進行替換，因爲sed會自動將替換應用於文件的每一行。

來源

2016-05-01 13:13:42 ghoti

反正我做了，但是我必須先運行'dos2unix'命令嗎？ – user3313178

@ghoti：感謝您對我的回答發表評論。確實讓人大開眼界。 – sjsam

@ user3313178 - 很高興這爲你工作！關於dos2unix，你的問題中沒有任何東西可以表明你需要它，但你可以'cat -vet file.txt | less'或'od -c file.txt |更少「來更好地瞭解您正在處理的原始數據。如果你有DOS行結尾，有很多刪除它們的策略，在這裏很多問題可能不會在這裏重複。 :-) – ghoti

使用線標誌的結束（$）：

sed -i '' 's%\t*$%%g' input.txt

的sed表達替換零個或多個突片（\t*）與空串。

請參閱man sed。

來源

2016-05-01 09:46:35

'-i'後面缺少後綴。它在Linux上是可選的，但在OS X上是必需的。 – Barmar

如果只有一個表達式，則不需要'-e'選項。 – Barmar

@Barmar，謝謝。固定。 –

在mac中刪除行尾的標籤

回答

相關問題