如何在Cytoscape中自動執行[load + export]操作？

Question

我有~100 * .xgmml文件，每個文件指定一個不同的網絡。我如何通過Cytoscape爲每個輸入文件自動生成PNG圖像文件？

（該Cytoscape的命令行選項包括一些加載文件，但我沒有看到任何的出口網絡爲圖像文件。）

Answer 1

（Cytoscape中3+），你可以做domething像以下，要麼放置到文本文件中，並用cytoscape.sh運行-S [腳本文件]，或剛進入的Cytoscape一旦它已經被打開（工具 - >執行命令文件）：

#Import network 
network import file indexColumnTargetInteraction=1 ... 
    indexColumnSourceInteraction=2 file="[full path to .xgmml file]" 
#Import and set style 
vizmap load file file="[full path to .xml style file]" 
vizmap apply styles=[style name] 
#Set layout 
layout attribute-circle 
#Set view to fit display 
view fit content  
#Save 
view export OutputFile="[full path to output file]" options=PDF 

更一般地，命令行實用程序上的幫助命令（工具 - >命令行對話框）非常有用。它列出了所有可用的命令，並且可以查詢每個命令的語法。