查看R

Question

包中的所有內容（不只是對象）這可能是一個新手的問​​題，但我認爲我做了我的功課，但還沒有找到答案（我希望找到），所以我在這裏發佈它尋求一些幫助。

類似的問題以前問過但我發現，沒有回答能幫助我當前的問題，除了一個「貴」的解決方案，這需要R.

的編輯，我瞭解到，ls和objects讓我們查看包內的對象。但即使有ls(all.names=TRUE)，我仍然看不到全部的內容。有人建議ls(getNAMEspace)，但對我來說這還不夠「好」。

例如

>search() 
[1]".GlobalEvn"  "package:TCGAGBM" 
>ls("package:TCGAGBM") 
character(0) 
>ls(getNamespace("TCGAGBM"),all.names=TRUE) 
[1]"._NAMESPACE_." "._S3MethodsTable_." ".packageName" 

然而，C（CMD）下，我看到以下

C：\用戶\ XYZ \文件\ r \ R-2.15.1 \庫\ TCGAGBM 。 ..數據擴展數據......（共3個文件（S），7迪爾（S））

我碰到這種 「差異」 當我看到劇本的下面一行 -

>clinical=read.delim(system.file(
+"extdata/Clinical/clinical_patient_public_GBM.txt.gz", 
+package="TCGAGBM"), header=TRUE) 

因此，我想知道R下是否有方法查看包中的所有內容，以便我們可以「知道」如何更好地利用該包。小插曲可能會有所幫助，但是到目前爲止，在我對R的有限體驗中，我發現一些軟件包沒有配備Vignette。

任何意見可以理解，以幫助我學習遠遠更多R.

Answer 1

我的首選方法是簡單地看問題包的源代碼。

事實上，實際上，我經常在運行CRANberries時創建本地CRAN鏡像作爲副作用。但即使您不這樣做，CRAN軟件包也只是一個快速下載，並且會在解析代碼排除的源代碼中出現，其評論。

編輯：我剛剛找到了本人發現的東西：Sean Davis在http://watson.nci.nih.gov/~sdavis/tutorials/TCGA_data_integration/的頁面 - 看起來它也使用了一些BioC軟件包。我仍然會研究通常比已安裝的軟件包有更多評論，註釋，額外...的源代碼。但也許這只是我的偏好。 YMMV，正如他們所說。

Answer 2

如果想看到所有的系統文件爲特定pacakges

試着這麼做

list.files(system.file(package = 'TCGAGBM'), recursive = T, full.names = T)) 

這是多麼有用將取決於您的操作系統，如包的安裝方式取決於操作系統

有關更多詳細信息，請參見R Installation and Administration manual中的相應部分。

注：

@檢查源的DirkEddelbuettel的建議是遠更好的辦法。

Answer 3

這是探索任何包的功能的另一種方法。雖然它不像德克那樣全面，但仍然有用。當我想知道一個包的所有功能時，我很快列出了它的所有功能。然後，如果我對任何功能感到好奇，我會迅速提起幫助文件?function_name並查看它的功能。出於這個原因，我在.rprofile中保留了這個函數，所以每次運行R時它都會自動加載。

lsp <- function (package, all.names = FALSE, pattern) { 
    package <- deparse(substitute(package)) 
    ls(pos = paste("package", package, sep = ":"), all.names = all.names, 
     pattern = pattern) 
} 

這是特別有用的，當我知道一個函數的部分名稱和它所屬的，但很快需要找到它什麼包。

例如

> lsp(ggplot2, pattern = "geom") 
[1] "geom_abline"   "geom_area"   
[3] "geom_bar"    "geom_bin2d"   
[5] "geom_blank"   "geom_boxplot"   
[7] "geom_contour"   "geom_crossbar"  
[9] "geom_density"   "geom_density2d"  
[11] "geom_dotplot"   "geom_errorbar"  
[13] "geom_errorbarh"  "geom_freqpoly"  
[15] "geom_hex"    "geom_histogram"  
[17] "geom_hline"   "geom_jitter"   
[19] "geom_line"   "geom_linerange"  
[21] "geom_map"    "geom_path"   
[23] "geom_point"   "geom_pointrange"  
[25] "geom_polygon"   "geom_quantile"  
[27] "geom_raster"   "geom_rect"   
[29] "geom_ribbon"   "geom_rug"    
[31] "geom_segment"   "geom_smooth"   
[33] "geom_step"   "geom_text"   
[35] "geom_tile"   "geom_violin"   
[37] "geom_vline"   "update_geom_defaults"