生成動態列表解析在Python

Question

假設我有一個字母：

A = ['A', 'T', 'C', 'G'] 

我想生成長度N（N-MER）的每一個可能的組合。例如對於n=2: AA, AT, ..., GG。爲了讓事情變得有趣，我正在試驗用動態的方式生成列表解析。這在Python中可能嗎？唯一明顯的方法是使用eval()並動態生成所需的字符串。不過，我很好奇，看看有沒有一種笨重的方法。

Answer 1

>>> from itertools import combinations 
>>> A = ['A', 'T', 'C', 'G'] 
>>> print list(combinations(A,2)) 
[('A', 'T'), ('A', 'C'), ('A', 'G'), ('T', 'C'), ('T', 'G'), ('C', 'G')] 

或可能（獲得重複）：

>>> from itertools import combinations_with_replacement 
>>> print list(combinations_with_replacement(A,2)) 
[('A', 'A'), ('A', 'T'), ('A', 'C'), ('A', 'G'), ('T', 'T'), ('T', 'C'), ('T', 'G'), ('C', 'C'), ('C', 'G'), ('G', 'G')] 

Answer 2

長度爲2的每一個可能的，將是 - （但你可能以後permutations，combinations或combinations_with_replacement從itertools .. ）

from itertools import product 

A = ['A', 'T', 'C', 'G'] 
print list(product(A, repeat=2)) 

[('A', 'A'), ('A', 'T'), ('A', 'C'), ('A', 'G'), ('T', 'A'), ('T', 'T'), ('T', 'C'), ('T', 'G'), ('C', 'A'), ('C', 'T'), ('C', 'C'), ('C', 'G'), ('G', 'A'), ('G', 'T'), ('G', 'C'), ('G', 'G')] 

這相當於[(a,b) for a in A for b in A]但是更容易縮放你要3,4千等...

Answer 3

假設你不希望同時'AT'和'TA'，然後itertools.combinations_with_replacement()可能是你在找什麼：

>>> from itertools import combinations_with_replacement 
>>> A = ['A', 'T', 'C', 'G'] 
>>> [''.join(x) for x in combinations_with_replacement(A, 2)] 
['AA', 'AT', 'AC', 'AG', 'TT', 'TC', 'TG', 'CC', 'CG', 'GG']