在unix中爲unix-layman運行r腳本或命令與unix中的解釋器

Question

我是外行人，希望unix和sofar我在Windows中使用R。例如，我在R會話中輸入以下內容（在R gui中）。

# this is a my funny example script 
X <- 1:10 
Y <- 21:30 
plot(X, Y) 
myfun <- function (x){ 
       x1 <- x^0.2 
       return (x1) 
      } 
myfun(X) 

我怎樣才能在UNIX外殼實現這一點，在兩種情況下 -

（1）直接在經由interpeter 命令行（2）創建腳本和運行腳本。

請提供一步考慮我是外行unix。

Answer 1

假設您將腳本保存在名稱爲so.R的簡單文本文件中，可以在Linux/Unix下通過在提示符處輸入R來運行它。一旦R中輸入

source('so.R') 

執行腳本R環境裏面（這是假設so.R文件在同一目錄中，你是當發出這一命令）。

運行在Linux/Unix命令行使用以下命令腳本：

R CMD BATCH so.R 

注意，我得到的情節展現，當我跑的R裏面的腳本，但是從Linux命令行它不顯示。我懷疑它會很快顯示然後消失，所以會出現一個R命令，您必須查看它以使其在顯示圖表後暫停。

Answer 2

我在猜測你的問題，你可能SSH到Linux機器？或者，例如，您在平常的筆記本電腦/ PC上安裝了Ubuntu。

假設是第二種情況：打開終端並鍵入sudo apt-get install r-base。然後鍵入R。然後鍵入

X <- 1:10 
Y <- 21:30 
plot(X, Y) 
myfun <- function (x){ 
       x1 <- x^0.2 
       return (x1) 
      } 
myfun(X) 

由於您的問題是關於unix與linux而非R，您也可以嘗試http://unix.stackexchange.com。關於linux和unix之間的區別有很多，但您可能需要知道的僅僅是：download Ubuntu，將其刻錄到光盤上，然後使用CD驅動器中的光盤重新啓動計算機。

希望這會有所幫助。

Answer 3

如果你的程序將在一個單一的數據集工作，那麼簡單-R可能是解決辦法：

http://code.google.com/p/simple-r/

它特別適用於簡單的統計分析，Linux命令行的部分設計。例如，如果想要繪製一些數據，'r -p data.txt'將完成這項工作;爲獲得相關係數：'r cor data.txt'就足夠了。

Answer 4

以下示例顯示了在shell腳本中運行R代碼的兩種方法。如果通過source（）函數將腳本 加載到交互式R會話中，則兩個 示例都將定義不執行它們的函數。

第一個示例允許您像給任何其他shell 腳本一樣提供參數，但不會將其他R選項傳遞給R（因爲Rscript將 「--args」指定爲R作爲參數之一） 。

第二個示例允許您提供其他R選項，但會生成 （無害）警告消息，除非將參數「--args」作爲腳本 之一。除非您有特殊要求，否則最好避免使用此版本。

原型Rscript.r

#!/usr/bin/env Rscript 
# Prototype R script for use at command line in Linux, Mac OS X, UNIX 

# References: 
# Manual "A Introduction to R", available via help.start() from the R Console 
# Appendix "B.1 Invoking R from the command line" in "A Inroduction to R", 

showArguments <- function(argv) { 
    print(argv) 
    0 
} 

if (! interactive()) { 
    # set some error return codes 
    SCRIPT_ERROR <- 10      # see documentation for quit() 
    SCRIPT_ARG_ERROR <- SCRIPT_ERROR + 1 

    # Define ARGV as script path concatenated to script arguments 
    ARGV <- commandArgs(FALSE)   # start with all the arguments given to R 
    scriptPath <- sub("^--file=", "", grep("^--file=", ARGV, value=TRUE)) [[1]] 
    ARGV <- c(scriptPath, commandArgs(TRUE)) 

    if (length(ARGV) < 2) { 
     cat(file=stderr(), sep="", 
      "Usage: ", ARGV[[1]], " [ options ] item ...\n", 
      "  Do something with item\n", 
      "  See script for details\n") 
     quit(save="no", status=SCRIPT_ARG_ERROR) 
    } 
    quit(save="no", status=showArguments(ARGV)) 
} 

原型shellscript.r

#!/usr/bin/env R --slave --vanilla --quiet -f 
# Prototype R script for use at command line in Linux, Mac OS X, UNIX 

# References: 
# Manual "A Introduction to R", available via help.start() from the R Console 
# Appendix "B.1 Invoking R from the command line" in "A Inroduction to R", 

showArguments <- function(argv) { 
    print(argv) 
    0 
} 

if (! interactive()) { 
    # set some error return codes 
    SCRIPT_ERROR <- 10      # see documentation for quit() 
    SCRIPT_ARG_ERROR <- SCRIPT_ERROR + 1 

    # Define ARGV as the arguments given to this script (after argument 「-f」) 
    ARGV <- commandArgs(FALSE)   # start with all the arguments given to R 
    ARGV <- ARGV[(grep("-f", ARGV) [[1]] + 1):length(ARGV)] 
    if (any(grepl("--args", ARGV))) { # remove arguments intended only for R 
     ARGV <- c(ARGV[[1]], commandArgs(TRUE)) 
    } 

    if (length(ARGV) < 2) { 
     cat(file=stderr(), sep="", 
      "Usage: ", ARGV[[1]], " [ R_options ] --args [ options ] item ...\n", 
      "  Do something with item\n", 
      "  See script for details\n") 
     quit(save="no", status=SCRIPT_ARG_ERROR) 
    } 
    quit(save="no", status=showArguments(ARGV)) 
}