替代wilcox.test在R

我想在R中使用wilcox.test進行顯着性測試。我想基本測試一個值x是否明顯在分佈內/外的d。替代wilcox.test在R

我做了以下內容：

d = c(90,99,60,80,80,90,90,54,65,100,90,90,90,90,90) 
wilcox.test(60,d) 



    Wilcoxon rank sum test with continuity correction 

data: 60 and d 
W = 4.5, p-value = 0.5347 
alternative hypothesis: true location shift is not equal to 0 

Warning message: 
In wilcox.test.default(60, d) : cannot compute exact p-value with ties

，基本p值是一個大範圍的數字我測試的是相同的。

我試過wilcox_test()來自coin包，但我無法讓它工作測試一個值對分佈。

有沒有替代這個測試，做同樣的事情，知道如何處理關係？

來源

2014-09-18 ifreak

順便說一句，我不能再現你的例子 - 當我用你的'd'使用'x = 60'時，我得到'W = 1.5'，'p = 0.2018'而不是你上面引用的結果。 – 2014-09-18 18:28:40

@Ben Bolker，因爲他使用'coin'包中的'wilcox_test（）'，而不是'stats'包中的'wilcox.test（）'。 – 2016-12-30 02:35:19

真的嗎？這不是他們在代碼塊中顯示的內容。你可能注意到我在下面的答案中實現了'coin :: wilcox_test'。 – 2016-12-30 02:51:43

您對非精確結果有多擔心？我猜想這個大小的數據集的近似值是合理的。（我還是設法得到coin::wilcox_test工作，其結果是沒有巨大的差別......）

d <- c(90,99,60,80,80,90,90,54,65,100,90,90,90,90,90) 
pfun <- function(x) { 
    suppressWarnings(w <- wilcox.test(x,d)$p.value) 
    return(w) 
} 
testvec <- 30:120 
p1 <- sapply(testvec,pfun) 
library("coin") 
pfun2 <- function(x) { 
    dd <- data.frame(y=c(x,d),f=factor(c(1,rep(2,length(d))))) 
    return(pvalue(wilcox_test(y~f,data=dd))) 
} 
p2 <- sapply(testvec,pfun2) 
library("exactRankTests") 
pfun3 <- function(x) {wilcox.exact(x,d)$p.value} 
p3 <- sapply(testvec,pfun3)

圖片：

par(las=1,bty="l") 
matplot(testvec,cbind(p1,p2,p3),type="s", 
     xlab="value",ylab="p value of wilcoxon test",lty=1, 
     ylim=c(0,1),col=c(1,2,4)) 
legend("topright",c("stats::wilcox.test","coin::wilcox_test", 
        "exactRankTests::wilcox.exact"), 
     lty=1,col=c(1,2,4))

enter image description here

（exactRankTests按要求添加，但考慮到它不再被維護，並推薦coin包，我不知道它有多可靠。你自己找出這些程序之間的區別是什麼以及哪個最好使用......）

結果在這裏有意義 - 問題在於你的能力低下。如果你的值是完全超出數據範圍，對於n = 15，這將是類似於2 *（1/16）= 0.125的概率。你的樣本以排列的第一個或最後一個元素結束的概率]，這與此處的最小值不完全相同（wilcox.test：p = 0.105，wilcox_test：p = 0.08），但這可能是一個近似問題，或者我可能有一些細節錯誤。儘管如此，它是在正確的場地。

來源

2014-09-18 18:17:37

Ben，你還可以從'exactRankTests'包中添加'wilcox.exact'程序到這個「benchmark」嗎？我做了這個，得到了稍微不同的結果（這個包會拋出警告，表明它不再被維護 - 但是最後一次更新只有2個月） – Jealie 2014-09-18 18:29:43

（即''pfun3 < - function（x）{wilcox.exact（x， d）$ p.value}' - 我會自己做，但爲此寫一個新的答案是沒有意義的。底線是：這個測試也給出了一個非顯着的p值，然而另一個值更高（p = 0.3125）。 – Jealie 2014-09-18 18:37:02

謝謝你這個很好的答案，重點是我的數據大小差異很大。我在這裏給出的只是一個例子。問題是：分佈大小變化會影響p值計算嗎？我需要用p值來區分類別（用數字x表示）。 – ifreak 2014-09-18 19:30:01

替代wilcox.test在R

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