從Java ProcessBuilder運行OpenMPI進程時ompi_evesel-> dispatch（）失敗

我試圖創建一個Java GUI來控制和運行MPI進程。我可以從命令行運行MPI進程，但無法通過Java Process Builder運行。從Java ProcessBuilder運行OpenMPI進程時ompi_evesel-> dispatch（）失敗

我收到以下錯誤的過程剛開始後：

[SCI053_VM003:02928] ..\..\openmpi-1.6.4\opal\event\event.c: ompi_evesel->dispatch() failed.

我懷疑是一個環境問題，但我不知道如何診斷它。我已經將java進程生成器看到的環境打印到日誌以及mpiexec'd進程看到的環境中，但我沒有看到任何錯誤！？！？

所有代碼和輸出日誌都貼在gist

我想使用的openmpi 1.6.4 Windows環境下打包MPI4PY

運行好像大多是的openmpi問題，所以我貼到UserList，但希望幫助的任何地方，我可以得到它...

大衛

PS - 我能夠運行Java程序啓動和運行在相同的代碼我的MacOS環境，但在那裏我使用brew安裝MPICH2。

來源

2013-07-24 David

今天我將測試使用python子進程調用mpiexec。如果事實證明這是一個可行的中介Java ProcessBuilder => Python Subprocess => OpenMPI MPIExec =>運行我的並行應用程序...我將使用它，但它並不真正回答我的問題（或賞金） – David

更新：我寫了一個簡短的python程序來調用mpiexec或任何你傳遞它的命令。它在命令行中效果很好： – David

更新：我寫了一個簡短的python程序來調用mpiexec或任何通過它的命令。 HTTPS：//gist.github。COM/dstuebe/6170563 它的偉大工程作爲一個間接的方式在命令行中運行任何程序，但它失敗時，我用它從裏面的ProcessBuilder Java中以同樣的方式！ – David

我懷疑是因爲您使用的是Windows。我不記得OpenMPI什麼時候停止支持Windows，但在某些時候它確實如此。你可以嘗試使用微軟的Windows MPICH端口，看看它是否能滿足你的需求。我不記得URL，但您可以在MPICH下載頁面找到端口（http://www.mpich.org/downloads/）。

來源

2013-07-24 13:54:02

它的工作原理，如果我在運行cmd窗口的工作 - 我不會稱之爲終端「因爲它吸收太多...但它確實‘在窗口工作’，只是沒有當我從Java Exec的它。 – David

啊。那麼在那種情況下，我的專業知識就失去了。我遠離Windows/Java人員。 –

我想如果我需要找到誰是Windows，Java和的openmpi更不用說Python和MPI4py ... – David

我也不能直接說爲什麼，但是我在java下的System進程的實現是它最好由其他人來處理它。

這是我的提示。我總是在調用外部應用程序時使用apache commins exec。鏈接到基礎教程http://commons.apache.org/proper/commons-exec/tutorial.html 希望它有幫助。它易於實施和使用。

剛讀完你的要點。我錯過的是，你在哪裏設置你的工作目錄。嘗試將工作目錄設置爲您可以從命令行啓動的目錄。

來源

2013-08-06 15:04:31

我可以從命令行就好了相同的工作目錄運行。你可以看到從env.py輸出工作目錄 - 這被執行得很好 - 但MPI胡扯出來，像bcast.py MPI程序將無法正常工作。我會嘗試阿帕奇公地EXEC作爲最後的手段。我已經有很多圍繞ProcessBuilder編寫的代碼。感謝您的幫助！ – David

當您從cmd.exe成功運行mpiexec.exe時，您在哪個目錄中？我很好奇你的輸出日誌顯示的LD_LIBRARY_PATH ......這奇怪的是，LD_LIBRARY_PATH被在Windows中設置：

LD_LIBRARY_PATH=C:\Python27\Lib\site-packages\mpi4py\bin/../lib:C:\Python27\Lib\site-packages\mpi4py\bin\..\lib

是否啓動從Windows mpiexec.exe的工作，當你設置PATH變量指向MPI bin和lib目錄？我不積極，如果these Open MPI instructions apply，但他們提到設置PATH環境變量。

來源

2013-08-06 15:27:36

試圖添加到ProcessBuilder環境的路徑，我可以在env.py的輸出中看到它，但我仍然從mpiexec中得到錯誤。 – David

從Java ProcessBuilder運行OpenMPI進程時ompi_evesel-> dispatch（）失敗

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