如何將R stderr輸出包含在Sweave文檔中

我正在研究R軟件包短片，並且有許多情況下我想將錯誤輸出包括在文檔中作爲用戶的示例。如何將R stderr輸出包含在Sweave文檔中

所以Sweave代碼塊

<<throws_error>>= 
stop('hello') 
@

在理想情況下生產出

stop('hello') 
Error: hello

我真實的例子是一個相當長的運行過程中，我想拍攝警告輸出文件和消息以及錯誤。

我已經搞亂了各種Sweave代碼塊包括params。我唯一提出的解決方案是有一個隱藏的代碼塊，用cat()打印錯誤文本 - 這種類型會破壞使用Sweave的目的。似乎可能有一個解決方案可能與sink()函數以某種方式重定向標準錯誤，但一直無法弄清楚。有什麼建議麼？

來源

2013-02-15 skyebend

如何逐字乳膠環境？ – 2013-02-15 08:07:34

Duplicate：http://stackoverflow.com/q/3131270/946850 – krlmlr 2013-02-15 08:14:36

補充說明我的問題，這是一個長期運行的過程（所以我寧願不運行兩次，因爲主要答案建議），我也會喜歡捕捉警告輸出，我不認爲'貓（）'會抓住。 – skyebend 2013-02-15 16:22:31

你用Sweave還是knitr來生成你的LaTeX和pdf文件？

在RStudio下默認使用knitr，生成的文檔幾乎就是你想要的。

在Sweave，您可以使用以下解決方法，從this message on R-help採取：

%outputs the R code but does not execute it. So no error 
<<echo=TRUE, eval=FALSE>>= 
stop('hello') 
@ 

% executes the code but displays only the error 
<<echo=FALSE, eval=TRUE>>= 
cat(try(stop('hello'))) 
@

來源

2013-02-15 08:07:31 juba

我用Sweave，我會用knitr試試。如果我走這條路線，有沒有辦法讓'R CMD build'或CRAN的構建過程知道在重建包裝短片時使用kniter而不是Sweave？ – skyebend 2013-02-15 16:13:41

@skyebend R 3.0.0應該可能沒有解決方法。看到這裏：http://yihui.name/knitr/demo/vignette/ – juba 2013-02-15 16:23:18

Knitr很棒！但是我被困在R 2中。*現在，所以我的.Rnw文件失敗了'R CMD check'。 :-(希望可以在幾個月內轉入R 3，隱藏的'cat（try（））'解決方案對我無效，因爲它包含輸出中的調用：％執行代碼，但僅顯示錯誤 <<呼應= FALSE，EVAL = TRUE >> = 貓（嘗試（停止（ '你好'））） @ 錯誤的嘗試（停止（「你好」））：你好它表明'warning（）'文本，而不是'message（）'文本。 – skyebend 2013-02-15 23:21:52

如何將R stderr輸出包含在Sweave文檔中

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