將命名元組的值從字符串轉換爲整數

Question

我正在創建一個腳本，以便將csv文件從其列標題讀入一組命名元組中。然後，我將使用這些命名的數據來提取符合特定條件的數據行。

我已經制定了輸入（如下所示），但是在將數據輸出到另一個文件之前過濾數據時遇到問題。是

import csv 
from collections import namedtuple 

with open('test_data.csv') as f: 
    f_csv = csv.reader(f) #read using csv.reader() 
    Base = namedtuple('Base', next(f_csv)) #create namedtuple keys from header row 
    for r in f_csv: #for each row in the file 
     row = Base(*r) 
     # Process row 
     print(row) #print data 

我的輸入文件的內容如下：

Locus   Total_Depth  Average_Depth_sample Depth_for_17 
chr1:6484996 1030   1030     1030 
chr1:6484997 14    14      14 
chr1:6484998 0    0      0 

而且他們從我的代碼打印爲如下：

基地（軌跡= 'CHR1：6484996'， （Locus ='chr1：6484997'，Total_Depth = '14'， Average_Depth_sample = '14'，Depth_for_17 = '14'）（平均值='1030'， Average_Depth_sample ='1030'，Depth_for_17 ='1030'） 基地（軌跡= 'CHR 1：6484998'，Total_Depth = '0'，Average_Depth_sample = '0'， Depth_for_17 = '0'）

我希望能夠用Total_Depth拉出僅記錄大於15

直觀我嘗試以下功能：

if Base.Total_Depth >= 15 : 
    print row 

然而，這僅打印數據的最終行（從上面的輸出表格）。我認爲這個問題是雙重的。據我所知，我不會將我的命名元組存儲在任何地方，以便稍後引用它們。其次，數字正在以字符串格式而不是整數讀取。

首先有人可以糾正我，如果我需要將我的namedtuples存儲在某處。

第二，如何將字符串值轉換爲整數？或者這是不可能的，因爲namedtuples是不可變的。

謝謝！

I previously asked a similar question關於字典，但現在想用namedtuples代替。 :)

Answer 1

地圖你的價值觀，以int創建命名元組實例時：

row = Base(r[0], *map(int, r[1:])) 

這使r[0]值作爲一個字符串，其餘值映射到int()。

This does需要了解可以轉換爲整數的CSV列的知識，這裏是硬編碼的。

演示：

>>> from collections import namedtuple 
>>> Base = namedtuple('Base', ['Locus', 'Total_Depth', 'Average_Depth_sample', 'Depth_for_17']) 
>>> r = ['chr1:6484996', '1030', '1030', '1030'] 
>>> Base(r[0], *map(int, r[1:])) 
Base(Locus='chr1:6484996', Total_Depth=1030, Average_Depth_sample=1030, Depth_for_17=1030) 

請注意，您應該測試對行，而不是Base類：

if row.Total_Depth >= 15: 

內環路，或收集行的新的循環。