ggplot barplot：如何使用日誌縮放y軸顯示小的正數

主要問題：我想要顯示從0到1.0的數據作爲向上的條（從0開始），但不希望間隔等距但日誌間隔。ggplot barplot：如何使用日誌縮放y軸顯示小的正數

我想在下面的數據集中顯示標記爲「均值」的列作爲ggplot中的條形圖，但由於數值非常小，我想在對數刻度上顯示y軸而不是對數變換數據本身。換句話說，我想要有y軸標籤爲0,1e-8,1e-6 1e-4 1e-2和1e-0的正方形條（即從0到1.0，但間隔爲對數比例）。

下面的解決方案不適用於條形反轉。

> print(df) 
     type   mean   sd   se snp 
V7 outer 1.596946e-07 2.967432e-06 1.009740e-08 A 
V8 outer 7.472417e-07 6.598652e-06 2.245349e-08 B 
V9 outer 1.352327e-07 2.515771e-06 8.560512e-09 C 
V10 outer 2.307726e-07 3.235821e-06 1.101065e-08 D 
V11 outer 4.598375e-06 1.653457e-05 5.626284e-08 E 
V12 outer 5.963164e-07 5.372226e-06 1.828028e-08 F 
V71 middle 2.035414e-07 3.246161e-06 1.104584e-08 A 
V81 middle 9.000131e-07 7.261463e-06 2.470886e-08 B 
V91 middle 1.647716e-07 2.875840e-06 9.785733e-09 C 
V101 middle 3.290817e-07 3.886779e-06 1.322569e-08 D 
V111 middle 6.371170e-06 1.986268e-05 6.758752e-08 E 
V121 middle 8.312429e-07 6.329386e-06 2.153725e-08 F

下面的代碼正確地產生與誤差棒分組barplot

ggplot(data=df, aes(x=snp,y=mean,fill=type))+ 
    geom_bar(stat="identity",position=position_dodge(),width=0.5) + 
    geom_errorbar(aes(ymin=mean-se, ymax=mean+se),width=.3, position=position_dodge(.45))

然而，我想使y軸日誌縮放，所以我在scale_y_log10添加（）如下：

ggplot(data=df, aes(x=snp,y=mean,fill=type))+ 
    geom_bar(stat="identity",position=position_dodge(),width=0.5) + scale_y_log10() + 
    geom_errorbar(aes(ymin=mean-se, ymax=mean+se),width=.3, position=position_dodge(.45))

但奇怪的是，酒吧從上面掉下來，但我只是想讓他們上升（像往常一樣），不知道我做錯了什麼。

謝謝

來源

2016-12-08 Lee Sande

barplots以零來定義。你有很少的數字。非常小的數字是負數。酒吧從零下降到負數。 – Axeman

我有點困惑，因爲我不是日誌轉換數據本身，所以數字仍然是積極的。此外，如果繪製數據，則會看到y軸單位仍然從1e-6（底部）增加到1e-3，但奇怪的是，條從頂部到底部「下降」，即從較大的數字到較小的數字。我只想查看日誌級別的數據，但不能轉換數據本身。我希望我有道理 –

你是絕對的日誌轉換數據。 'scale_y_log10（）'日誌在繪製數據之前轉換數據。 – hrbrmstr

這裏有點黑客顯示，如果你試圖獲取在零上日誌規模開始吧會發生什麼。我已經使用geom_segment進行了說明，以便我可以創建延伸到任意範圍的「條」（實際上是寬線段）。爲了做到這一點，我還必須手動進行所有的避讓，這就是爲什麼x映射看起來很奇怪。

在下面的示例中，比例從y = 1e-20到y = 1。 y軸間隔是對數比例的，這意味着從1e-20到1e-19的物理距離與從1e-8到1e-7的物理距離相同，即使這些間隔的大小相差一萬億分之一。

無法顯示下降到零的條，因爲對數刻度上的零是圖底部以下的無限長度。例如，我們可以通過下面的代碼將1e-20更改爲1e-100。但這隻會使數據值之間已經很小的物理距離變得更小，因此更難以區分。

酒吧也以另一種方式誤導，因爲正如@hrbrmstr指出的那樣，我們的大腦線性地處理沿酒吧的距離，但沿着酒吧的每個距離增量所代表的距離大約每變化10倍在下面的例子中幾毫米。條只是不編碼有關數據的有意義的信息。

ggplot(data=df, aes(x=as.numeric(snp) + 0.3*(as.numeric(type) - 1.5), 
        y=mean, colour=type)) + 
    geom_errorbar(aes(ymin=mean-se, ymax=mean+se), width=.3) + 
    geom_segment(aes(xend=as.numeric(snp) + 0.3*(as.numeric(type) - 1.5), 
        y=1e-20, yend=mean), size=5) + 
    scale_y_log10(limits=c(1e-20, 1), breaks=10^(-100:0), expand=c(0,0)) + 
    scale_x_continuous(breaks=1:6, labels=LETTERS[1:6])

如果你想堅持數比例，也許繪製點會是一個更好的辦法：

pd = position=position_dodge(.5) 
ggplot(data=df, aes(x=snp,y=mean,fill=type))+ 
    geom_errorbar(aes(ymin=mean-se, ymax=mean+se, colour=type), width=.3, position=pd) + 
    geom_point(aes(colour=type), position=pd) + 
    scale_y_log10(limits=c(1e-7, 1e-5), breaks=10^(-10:0)) + 
    annotation_logticks(sides="l")

來源

2016-12-09 03:09:58 eipi10

ggplot barplot：如何使用日誌縮放y軸顯示小的正數

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