與SED和剪切命令

複製行我有這樣類似項的文件：與SED和剪切命令

@HWI-ST750:151:C1C6AACXX:8:1101:10000:14114/1 
AAACATACCATTGCATATTTCGTATAATTCGAATTTAAGCAAGTTGTATTGCCAACAGCTCAGATCAATTAAGAATCTTTTCAAATTTATCAATTTA 
+/1 
DDHBFHHIAHHJEGJFGICHG;CGHGIJIIAIHHIJIGAGIE9FDFHGHG:[email protected]=;@FHI:DACHE>>[email protected];[email protected];)6(>[email protected]>[email protected] 
@HWI-ST750:151:C1C6AACXX:8:1101:10000:37802/1 
GTTCCTTTACTTGCTCCCATGTCCCAATCTAACACACATGAGTCGTCGCACGCCAGTAAATCTAAAGATTTCAGACACTCAGACTCGTACAGTGAAA 
+/1 
[email protected]DEEEEDDDDDDDDDCDDCCCDDDABBDD>CC>A

我希望削減每2號線，從1日至45字。所以我用下面的命令：

sed "0~2p" BT8_A.fastq | cut -c1-45 | head -n 12

它工作正常，但削減1日45個字同一條線路後，得到追加到下一line.Like本 -

@HWI-ST750:151:C1C6AACXX:8:1101:10000:14114/1 
AAACATACCATTGCATATTTCGTATAATTCGAATTTAAGCAAGTT 
AAACATACCATTGCATATTTCGTATAATTCGAATTTAAGCAAGTT 
+/1 
DDHBFHHIAHHJEGJFGICHG;CGHGIJIIAIHHIJIGAGIE9FD 
DDHBFHHIAHHJEGJFGICHG;CGHGIJIIAIHHIJIGAGIE9FD 
@HWI-ST750:151:C1C6AACXX:8:1101:10000:37802/1 
GTTCCTTTACTTGCTCCCATGTCCCAATCTAACACACATGAGTCG 
GTTCCTTTACTTGCTCCCATGTCCCAATCTAACACACATGAGTCG 
+/1 
[email protected] 
[email protected]

我不能夠解決這個。我在哪裏錯了。幫我。

謝謝。

我所需的輸出是：

@HWI-ST750:151:C1C6AACXX:8:1101:10000:14114/1 
AAACATACCATTGCATATTTCGTATAATTCGAATTTAAGCAAGTT 
+/1 
DDHBFHHIAHHJEGJFGICHG;CGHGIJIIAIHHIJIGAGIE9FD 
@HWI-ST750:151:C1C6AACXX:8:1101:10000:37802/1 
GTTCCTTTACTTGCTCCCATGTCCCAATCTAACACACATGAGTCG 
+/1 
[email protected]

來源

2013-02-20 PoisonAlien

如果你想削減只有每2號線，保留其他不變，這可能是更容易使用awk：

awk 'NR % 2 == 0 { print substr($0, 0, 45) } NR % 2 == 1 { print }' BT8_A.fastq

來源

2013-02-20 10:14:37 OpenSauce

BINGO！謝謝你..確實是我想要的.. :) 但是上面的代碼出了什麼問題？！ – PoisonAlien 2013-02-20 10:17:44

@poisonAlien：通常情況下，'sed'在執行命令後總是打印模式空間的內容（除非用'-n'告訴它）。所以'0〜2p'告訴它打印偶數行a * second *時間，除了打印它將要做的行。另外，你將所有'sed'的輸出傳遞給'cut'，所以奇數行也會被減少到前45個字符。 – OpenSauce 2013-02-20 13:22:41

方式一：

$ sed 'n;s/\(.\{45\}\).*/\1/' file

來源

2013-02-20 10:19:01 Guru

謝謝。工作很好.. – PoisonAlien 2013-02-20 10:24:34

+ 1比我的更好，理由是'sed'比'awk'更冷（因爲在OP中請求了'sed'） – OpenSauce 2013-02-20 13:23:31

這裏是sed單行：

sed -r '2~2s/^(.{45}).*/\1/' file

輸出：

kent$ sed -r '2~2s/^(.{45}).*/\1/' file           │drwxr-xr-x 4 kent kent 160 Feb 15 16:48 pkg/ 
@HWI-ST750:151:C1C6AACXX:8:1101:10000:14114/1           │-rw-r--r-- 1 kent kent 19 Feb 15 14:06 status.xml 
AAACATACCATTGCATATTTCGTATAATTCGAATTTAAGCAAGTT           │-rw-r--r-- 1 kent kent 18K Feb 15 16:44 tinyswitch.tgz 
+/1                     │-rw-r--r-- 1 kent kent 73 Feb 15 14:06 t.sh 
DDHBFHHIAHHJEGJFGICHG;CGHGIJIIAIHHIJIGAGIE9FD           │-rw-r--r-- 1 kent kent 18K Feb 15 16:24 tsw.tgz 
@HWI-ST750:151:C1C6AACXX:8:1101:10000:37802/1           │-rw-r--r-- 1 kent kent 7.5K Feb 19 18:44 vimod.zsh 
GTTCCTTTACTTGCTCCCATGTCCCAATCTAACACACATGAGTCG           │-rw-r--r-- 1 kent kent 23K Feb 19 22:09 vimrd 
+/1                     │-rw-r--r-- 1 kent kent 42 Feb 17 16:00 x.txt 
[email protected]

來源

2013-02-20 10:23:58 Kent

與SED和剪切命令

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