如何在Python中檢查.h5文件

如何查看給定.h5文件在Python中具有哪些變量，數據集等？如何在Python中檢查.h5文件

我可以讀通過運行這個

import h5py 
f = h5py.File(filename, 'r')

我怎麼能現在看到我.h5文件中有哪些變量文件？

運行f.keys()輸出無信息

KeysView(<HDF5 file filename (mode r)>)

在Matlab中我只需撥打h5disp（文件名），但想知道如何做到這一點在Python

來源

2017-04-12 gota

你使用python3嗎？ –

yes ............ – gota

然後@Astrom建議的解決方案應該有幫助 –

你試試？

print(list(f.keys()))

這應該給你所有的組在你的hdf5文件。如果f是一個組，則可以對數據集執行相同操作。

來源

2017-04-12 13:55:00 Astrom

這是必需的，因爲在Python3中f.keys（）返回和迭代器，應該明確展開到列表中。 –

它輸出'['＃refs＃'，'var1'，'var2'，'var3'，'var4']'＃refs＃是什麼意思？ – gota

我會建議看裏面'＃ref＃'看看裏面是什麼。據我們可以判斷它是一個在你的hdf5文件中的組，但沒有提供更多關於它是如何創建的信息（你可能沒有），這很難說清楚。 – Astrom

或許矯枉過正，但我有這個，可能有人有用：

from __future__ import print_function 

def scan_hdf5(path, recursive=True, tab_step=2): 
    def scan_node(g, tabs=0): 
     print(' ' * tabs, g.name) 
     for k, v in g.items(): 
      if isinstance(v, h5.Dataset): 
       print(' ' * tabs + ' ' * tab_step + ' -', v.name) 
      elif isinstance(v, h5.Group) and recursive: 
       scan_node(v, tabs=tabs + tab_step) 
    with h5.File(path, 'r') as f: 
     scan_node(f)

而簡單的輸入：

>>> scan_hdf5('/tmp/dummy.h5') 
/
    - /d1 
    /g1 
    - /g1/d2 
    - /g1/d3 
    /g2 
    - /g2/d4 
    /g2/g3 
     - /g2/g3/d5

或返回的東西更多元素的替代版本可用：

def scan_hdf52(path, recursive=True, tab_step=2): 
    def scan_node(g, tabs=0): 
     elems = [] 
     for k, v in g.items(): 
      if isinstance(v, h5.Dataset): 
       elems.append(v.name) 
      elif isinstance(v, h5.Group) and recursive: 
       elems.append((v.name, scan_node(v, tabs=tabs + tab_step))) 
     return elems 
    with h5.File(path, 'r') as f: 
     return scan_node(f)

帶回報：

>>> scan_hdf5_2('/tmp/dummy.h5') 
[u'/d1', 
(u'/g1', [u'/g1/d2', u'/g1/d3']), 
(u'/g2', [u'/g2/d4', (u'/g2/g3', [u'/g2/g3/d5'])])]

來源

2017-04-12 16:18:38

如何在Python中檢查.h5文件

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