2016-08-08 126 views
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我試圖安裝Biopython,但得到這個錯誤:MacOSX上埃爾卡皮坦Biopython安裝,-Qunused論點GCC錯誤

> gdr$ python setup.py build running build running build_py running 
> build_ext building 'Bio.cpairwise2' extension gcc -DNDEBUG -g -fwrapv 
> -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -Qunused-arguments -Qunused-arguments -I/Applications/Canopy.app/appdata/canopy-1.7.2.3327.macosx-x86_64/Canopy.app/Contents/include/python2.7 
> -c Bio/cpairwise2module.c -o build/temp.macosx-10.6-x86_64-2.7/Bio/cpairwise2module.o gcc: error: 
> unrecognized command line option ‘-Qunused-arguments’ gcc: error: 
> unrecognized command line option ‘-Qunused-arguments’ error: command 
> 'gcc' failed with exit status 1 

我運行MacOSX的埃爾卡皮坦10.11.3,用gcc 4.9版本.2 20141029(預發佈)。 似乎沒有人報告過這個問題在這裏既不是在計算器上也不是在谷歌(做了一個快速搜索)。

(更新)解決方案:

我解決了setup.py安裝文件編輯os_clang_fix(),評論:

# for flag in ["CFLAGS", "CPPFLAGS"]: 
#  if flag not in os.environ: 
#   os.environ[flag] = "-Qunused-arguments" 
#  elif "-Qunused-arguments" not in os.environ[flag]: 
#   os.environ[flag] += " -Qunused-arguments" 

回答

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這是一個clang特定的選項,而且,據我所知,這是不可用於gcc

clang手冊頁:

-Qunused-arguments 
     Don't emit warning for unused driver arguments. 

你(至少)兩個選項來解決:

  • 刪除的Qunused-arguments任何ocurrences圍繞項目建設的文件(我真的不建議這個)。
  • 安裝clang(只需在終端上運行clang並按照安裝說明進行操作)。

而且[個人的意見今後],如果你不需要gcc什麼特別的原因,將其卸載,並保持clang你的OSX,因爲它似乎是蘋果的願望:)。

+1

好的建議:它讓我走上正軌。謝謝你:)。 – grd