2011-08-08 63 views
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我剛剛發現了一個R包來檢索pubmed的抽象,這真是太棒了。但我在數據檢索過程中不斷收到警告消息:RISmed的此警告消息是什麼意思?

R2009 <- pubmed.search("R+package[tiab]+AND+2009/01/01[dp]:2009/12/31[dp]",dest="temp",format="ris") 
Warning message: 
In download.file(e.query, dest = temp, quiet = TRUE) : 
    downloaded length 2565 != reported length 200 

> nrow(as.data.frame(R2009)) 
[1] 82 

我手動在pubmed中搜索,並找到相同數量的文章(82)。

我不知道警告信息的含義是什麼,這裏有什麼需要解決的?謝謝。

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我無法重現您的錯誤(R 2.13.1,Ubuntu x86_64,RISmed_1.2.3)。瞭解你的操作系統,R版本等將會有所幫助。請提供'sessionInfo()'輸出# – rcs

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請注意,它是**警告**而不是錯誤。我無法在Linux上重現(相同的R和RIS版本)。 –

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適用於...網絡連接問題? –

回答

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這意味着無論文件pubmed.search()是什麼文件下載,它的長度是2565(字節我認爲?),但在連接協商期間報告的長度只是200字節。

我不知道pub med是那麼好,但可以很好地想象一下,包含正在下載的搜索結果的數據文件在運行中生成並且最終文件大小未知的情況,所以虛擬大小首先被報告,但實際的下載流增長超過這個尺寸。您可以隨時使用瀏覽器直觀地看到這一點 - 有時瀏覽器不知道下載量有多大,因此不會報告完成時間,只是下載的數據量。

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200是確定的HTTP狀態值,而不是下載的文件長度。令人討厭的警告揭示了download.file函數的一個問題,並且取決於它在內部用於執行下載請求的方法。

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