R 3.2，GCC，以及自制

Question

我最近需要安裝R 3.2獲得來自Bioconductor的工作包，但我安裝好後，我收到以下錯誤：

[16:16:11 20] $ r 
dyld: Library not loaded: /usr/local/lib/gcc/4.9/libgfortran.3.dylib 
    Referenced from: /usr/local/Cellar/r/3.2.0/R.framework/Versions/3.2/Resources/lib/libR.dylib 
    Reason: image not found 
Trace/BPT trap: 5 

果然，釀造設爲使用gcc 5，所以我告訴釀造使用4.9版本

brew switch gcc 4.9 

其中有R運行從，但隨後R.將在包裝的中間安裝失敗（特別是當我跑biocLite('DESeq2')。

從那以後，我嘗試了一些東西，包括試圖安裝gcc 4.8（但我似乎無法讓R使用它，即使通過~/.R/Makevars）。即使4.9未安裝，R仍堅持要求上述路徑。

R的Windows版本似乎是說4.9不能與3.2工作：

R-devel temporarily used a new toolchain based on 4.9.2 gcc, put together by Duncan Murdoch using build scripts written by a contractor. However, there were too many incompatibilities with existing code, and this toolchain will not be used for R 3.2.0. See notes for details on building and testing the new toolchain.

任何幫助將不勝感激！

編輯： 我試圖從源代碼安裝，通過@lmw的建議，但它失敗：

[11:27:55 2] $ brew install r --build-from-source 
==> Installing r from homebrew/homebrew-science 
==> Installing r dependency: gcc 
==> Downloading http://ftpmirror.gnu.org/gcc/gcc-5.1.0/gcc-5.1.0.tar.bz2 
######################################################################## 100.0% 
curl: (28) Resolving timed out after 5542 milliseconds 
Trying a mirror... 
==> Downloading https://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-5.1.0/gcc-5.1.0.tar.bz2 
######################################################################## 100.0% 
==> Patching 
patching file gcc/jit/Make-lang.in 
==> ../configure --build=x86_64-apple-darwin14.3.0 --prefix=/usr/local/Cellar/gcc/5.1.0 --libdir=/usr/local/Cellar/gc 
==> make bootstrap 
==> make install 
==> Caveats 
GCC has been built with multilib support. Notably, OpenMP may not work: 
    https://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=60670 
If you need OpenMP support you may want to 
    brew reinstall gcc --without-multilib 
==> Summary 
    /usr/local/Cellar/gcc/5.1.0: 1351 files, 248M, built in 32.5 minutes 
==> Installing r 
==> Using Homebrew-provided fortran compiler. 
This may be changed by setting the FC environment variable. 
==> Downloading http://cran.rstudio.com/src/base/R-3/R-3.2.0.tar.gz 
######################################################################## 100.0% 
==> Patching 
patching file src/modules/lapack/vecLibg95c.c 
==> ./configure --prefix=/usr/local/Cellar/r/3.2.0_1 --with-libintl-prefix=/usr/local/opt/gettext --enable-memory-pro 
==> make 
** installing vignettes 
** testing if installed package can be loaded 
* DONE (survival) 
make[1]: *** [recommended-packages] Error 2 
make: *** [stamp-recommended] Error 2 

READ THIS: https://git.io/brew-troubleshooting 
If reporting this issue please do so at (not Homebrew/homebrew): 
    https://github.com/homebrew/homebrew-science/issues 

編輯2： 只是爲了好玩，我嘗試安裝r沒有--build-from-source選項，它工作。請參閱下面的解決方案（我認爲從源代碼構建可能已經解決了升級問題，這可以解決問題，但是我得到的結果是而不是要去嘗試它（事情終於再次起作用了......爲什麼要使用它？），但是我想知道是否我可以刪除我在~/.R/Makevars設置變量（再次，見下面的解決方案）。

Answer 1

這是由this commit解決，與R.新瓶確保您brew update和brew upgrade r。

Answer 2

重建從源R解決同樣的問題對我來說。

釀造重裝[R --build-從源

Answer 3

這不是一個完整的解決方案（它使用一個較舊的gcc版本），但它讓我再次運行：

1. brew tap homebrew/homebrew-versions
2. brew install gcc48
3. brew install r
   • 注：我跑brew install r --build-from-source（重新安裝沒有工作），其重建東西，而不是R（失敗）。這可能是這項工作的部分原因。請讓我知道，如果是這樣！如果他的回答是這個工作的原因，我想給@lmw信用。

4. 編輯~/.R/Makevars和添加下列行（視需要編輯路徑）：

   CC=/usr/local/Cellar/gcc48/4.8.4/bin/gcc-4.8 
   CXX=/usr/local/Cellar/gcc48/4.8.4/bin/g++-4.8 
   CFLAGS=-std=c99 
   

5. 運行r。

6. （如果你想安裝Bioconductor的）

   source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
   biocLite()