Perl無法識別未初始化的輸入文件$ filename

我正在從bash腳本調用perl程序。這個Perl腳本在我從命令行標記它的參數時起作用，但是當我從bash腳本調用它時會產生錯誤。

這裏是bash腳本的相關部分：

for ((i=1; i<=$z; i++)) 
do 
    if (($i%2 == 0)); then 
     ~/Desktop/SNP_finder.pl `awk 'FNR == '$i <"${d}".fasta` `awk ...` "${d}".txt 
    else 
...

和Perl腳本：

我可以運行在終端窗口SNP_finder.pl罰款，但是當我管這個猛砸腳本它給我錯誤Use of unitialized value $filename和聲稱$filename的值是''。

來源

2017-04-12 quantik

請顯示腳本中使用的整個'awk'命令。你如何從終端窗口運行命令？ –

我知道'awk'表示很好，因爲管道工作正常，但不添加文件名。但他們是： 'awk'FNR =='$ i <「$ {d}」。fasta'和'awk'FNR == 2'<「$ {d}」。fasta' – quantik

也許這可能是值得的複製'〜/ Desktop/SNP ...'命令，除了將'perl'程序的名稱更改爲'echo'以查看'awk'命令（以及文件名擴展名）在您的腳本中變得怎樣？看起來，如果它是從命令行運行的，但不在腳本內運行，那麼腳本中的環境（某些變量未初始化或其他設置或不同的位置）會導致問題，這種情況有所不同。你知道'awk'命令在命令行中給你什麼，但是從腳本內部怎麼樣？ –

shell正在執行分詞。如果awk腳本返回空白，則參數"${d}".txt將以$ARGV[1]或$ARGV[0]結尾。如果你的awk腳本返回包含空白的字符串，它最終會進一步下跌...

爲了避免這種情況，你應該說出來了，就像這樣：

"`awk ...`"

更妙的是：

"$(awk ...)"

來源

2017-04-12 19:05:38 ephemient

我知道'awk'腳本沒有返回空白，因爲它沒有將文件名作爲參數傳遞給perl腳本，它工作得很好。但我會試試這個。 – quantik

沒有工作。我相信它與作爲參數而不是'awk'腳本的文本文件的傳遞有關。 – quantik

Perl無法識別未初始化的輸入文件$ filename

回答

相關問題