在Ubuntu中執行python腳本默認爲shell而不是bash

我在Ubuntu中運行一個依賴於正在安裝的軟件包的python腳本。這些都安裝，因爲我可以調用它們，但腳本不能。在Ubuntu中執行python腳本默認爲shell而不是bash

我想這是因爲該腳本使用shell（SH），而不是在bash version.i收到此錯誤信息進行：

sh: genomeCoverageBed: command not found

，但可以在猛砸手動調用genomeCoverageBed：

[email protected]:~/jonathan/scripty$ genomeCoverageBed 


Tool: bedtools genomecov (aka genomeCoverageBed) 
Version: v2.26.0 

Summary: Compute the coverage of a feature file among a genome.

我的問題＃1這部分是誤導和錯誤的！：

我加入這個家當的明星！我的python腳本的T：不過這並沒有影響結果

＃/斌/慶典

，

考慮了這一點，我的劇本還是引起了同樣的錯誤消息下面是部分腳本：

for filename in os.listdir(folder): 
if filename.endswith(".sorted.bam"): 
    namefile = filename.replace(".sorted.bam", "_ncoverage.txt") 
    folder_name = filename.replace(".sorted.bam", "") 
    os.system("mkdir " + folder_name) 
    os.system("coverageBed -s -d -a bam " + folder + filename + " -b " + gff_file + " > " + folder_name + "/" + namefile)

這裏是當我運行此腳本會發生什麼：

[email protected]:~/jonathan/script$ sudo python2.7 script1.py ./Folder/ ./Folder/ref.fasta genbank.gff 
sh: coverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: coverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: coverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: coverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: coverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: coverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: coverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: coverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: coverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found

對於我能做什麼，或者即使我走上正軌，你有什麼建議嗎？感謝您的幫助！

來源

2016-11-07 Jonathan Abrahams

恩，你把'＃！/ bin/sh'放在python腳本的頂部？它運行一個子shell，而不是python。 – tdelaney

確切地說，你的腳本是用什麼語言編寫的，'python'或'bash'？ – jojo

這個腳本是用python –

你的shebang正在調用一個子shell，就像@tdelaney在評論中提到的那樣。您需要使用像下面這樣使用Python作爲程序執行文件：

#! /usr/bin/env python

來源

2016-11-07 15:21:41 Fruitspunchsamurai

您使用了錯誤的家當

#!/bin/bash

當一個Linux shell被要求運行一個文本文件（例如./myprogram.py），它看着shebang找出應該用哪個程序來解釋文本。在你的情況下，你要求shell運行/bin/bash - 另一個shell，它試圖將python腳本解釋爲shell腳本。

你可以寫的家當不同

#!/usr/bin/env python3

這告訴運行/usr/bin/env這將搜索的路徑，一個叫pythnon3事情外殼。現在，您爲當前環境運行python安裝程序。默認情況下它的系統是python，但是如果你運行在python虛擬環境中，它運行即 python。

shebang僅在linuxy系統上使用，僅在您使腳本可執行並直接運行時纔會使用。如果在windows（cygwin或其他類Unix外殼之外）上運行或直接運行python（python /path/to/myscript.py），則不使用它。

來源

2016-11-07 15:24:56 tdelaney

爲了確認，我試圖在bash環境中演示python腳本，是嗎？我通常運行腳本如下：sudo python2.7 script.py –

你最後的評論對我來說是最重要的。你只能使用shebang來使腳本可執行並直接運行它。我誤導了你和其他人，包括我的錯誤快速修復'＃！/ bin/bash'。原來的問題仍然存在 –

@JonathanAbrahams你可以發佈你的失敗的python腳本的一個小例子嗎？只要把它解釋成幾行來展示問題，並在你的問題中加上一個完整的堆棧跟蹤（如果適用）。然後我們可以解決這個問題。 – tdelaney

如果您將＃！/ bin/bash打開，將會在bash中打開，Ubuntu將不會運行python中的python文件。試着把＃！/ usr/bin/python或＃！在/ usr /斌/包膜蟒蛇

來源

2016-11-07 15:25:34

我跟着這個帖子：

https://unix.stackexchange.com/questions/83191/how-to-make-sudo-preserve-path

，並補充說：

須藤ENV 「PATH = $ PATH」

我指揮的開始這解決了我的問題！

感謝所有幫助！

來源

2016-11-07 16:55:17

在Ubuntu中執行python腳本默認爲shell而不是bash

回答

相關問題