應用一個函數將兩個矩陣的所有列對中的R

我有兩個矩陣具有相同的列和行的名稱：應用一個函數將兩個矩陣的所有列對中的R

> metilacion[1:5,1:5] 
      A2BP1  A2M  A2ML1  A4GALT  AAAS 
paciente1 0.2804884 0.5816559 1.1814702 -0.6234276 -0.3997400 
paciente2 0.5122471 1.2944264 0.5673766 0.4490407 -0.6045510 
paciente3 -0.3116356 1.6085049 0.9970350 0.3379215 -0.4787046 
paciente4 -0.7220941 0.8771948 2.1445474 -0.5837802 -0.4848246 
paciente5 -0.3369999 1.5885716 0.8185654 0.2374583 -0.5698858 
> expresion[1:5,1:5] 
      A2BP1   A2M  A2ML1  A4GALT  AAAS 
paciente1 -0.9082274 -0.17736185 0.8846485 -0.36059775 -0.5624139 
paciente2 -1.7152290 1.62368019 0.3292617 1.35968899 -0.9220157 
paciente3 -1.0581859 0.33028098 1.1020073 0.01870851 -0.9669236 
paciente4 -0.8389615 1.33754885 0.5122861 -0.14583960 -0.8196533 
paciente5 -1.5273835 0.06418637 0.2695209 0.03381359 -0.4461490

我要計算兩個矩陣之間的所有成對的列之間的相關係數並用每個列對的相關值生成另一個對象。

例如，第一列之間的相關係數是：

> cor(metilacion[,1],expresion[,1]) 
[1] -0.09351992

所以，我想生成包含所有的相關值的對象。

謝謝！

來源

2015-06-20 Dani

嘗試'肺心病（metilacion，expresion）'根據的cor到'？cor'，'「如果 'x'和'y'是矩陣，那麼covari計算'x'的列和'y'的列之間的相關性（或相關性）。 – akrun

如果您只查找相應的列，那麼'diag（cor（metilacion，expresion））' – akrun

你可以做cor

cor(metilacion,expression) 
#   A2BP1   A2M  A2ML1  A4GALT  AAAS 
#A2BP1 -0.4887051 0.03682951 -0.0404260 0.5795882 -0.03534625 
#A2M -0.5909642 0.01572799 -0.1469085 0.3503903 -0.19412101 
#A2ML1 0.8006633 0.17242226 0.1294179 -0.5827062 -0.05502329 
#A4GALT -0.8036390 0.18066923 -0.2026173 0.6824085 -0.32097886 
#AAAS 0.9033514 -0.54378874 0.7694163 -0.7995712 0.13676285

如果你需要得到相應列

diag(cor(metilacion,expresion))

或者

mapply(cor, as.data.frame(metilacion), as.data.frame(expresion)) 
# A2BP1   A2M  A2ML1  A4GALT  AAAS 
#-0.48870510 0.01572799 0.12941787 0.68240850 0.13676285

來源

2015-06-20 09:43:47 akrun

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