fisher.test使用R

Question

我正在嘗試做超過400個日期的費舍爾精確測試。費舍爾精確測試工作2x2的可能性。這個測試對許多用於分子標記和遺傳學研究。因此，如果我有很多日期，變得不可能使所有可能性成爲一對一的標記組合。 R中

分析代碼：

alelo1<-data[,1] 
alelo2<-data[,2] 
fisher.test(alelo1,alelo2)$p.valeu 

我試着不要使用：

(for i in) 

但我並沒有成功。我怎麼能自動使用R？

Tnks！

Answer 1

從問題的角度來看，有點難以分辨你想要什麼，但是如果我能夠解密某些東西，我認爲你想從2X400矩陣的列創建2X2矩陣組合。

所以你會有79800組合？我認爲。

choose(400,2) = 79800 

我想爲fisher.test I，J是一樣的J，I和爲I = j沒有多大意義，所以

我會做一個函數開始：

alelos = function(i,j){ 
alleys= matrix(c(df[,i],df[,j]),nrow=2,byrow=F) 
#df is the 2X400 matrix, called data in the question 
return(fisher.test(alleys)$p.value) 
} 

然後嘗試循環與for（我在1：400）和一段時間？或者用結果生成三角矩陣的東西。如：

我會給你一個10列向量的例子。

同樣的事情應該適用於400

set.seed(4) 
df= matrix(c(sample(1:100,10,replace=T),sample(1:100,10,replace=T)),nrow=2) 


resultmatrix = matrix(0,10,10) 
#or 10x9 if you prefer 

for(i in 10:1){ 
    j=1 
while(i > j){ 
    resultmatrix[i,j]= alelos(i,j) 

j=j+1 
} 
}