如何將一組字母映射到perl中的另一組？

我有一個DNA串像如何將一組字母映射到perl中的另一組？

tcatttcaaatcatctggaccaaaagagtcaggaagtaactcttctatcgttttcatatcataacccccgt 
cgtcatgaaacatataaacatttatatccttcgaaaattcacgaattacttgacgacaaataccacagggc 
gtaactcttcccttggcactcatcactccaatagccataaatttagtgtaacccatgctcactgcttttgt 
aattgctactcgttcggcacagatgcaattgccatatgatgcgttttcaacattagctccataaatatatg 
tatttttatcgtcggatactacgcatgcacctactgcgaagttggagtagggacaatatgaatattgtaaa 
ctctcttttacttcttgaaataacttctcaatatcttctttttccat

（除了一個長結實，沒有休息）

現在我要全部更換a到t，t到a，c到g，g到c我如何使用正則表達式？

來源

2014-02-14 AntiGMO

看看Perl翻譯運算符'tr //' – Paul

你爲什麼要「用正則表達式來做它」？正如保羅在評論中和史蒂夫在他的回答中所說的那樣，「tr ///」更適合。 – ruakh

這個問題會對你有所幫助。 http://stackoverflow.com/questions/3638205/whats-the-difference-between-tr-and-s-when-using-regex-in-perl – JackXu

你可以使用一個子程序：

sub complement { 

    my ($seq) = @_; 

    $seq =~ tr/ACGTacgt/TGCAtgca/; 

    return $seq; 
}

，並調用它像：

my $complemented_string = complement($string);

來源

2014-02-14 02:54:38 Steve

既不是'sub'，也不是錯位的'scalar'或者'reverse'在這裏是相關的，只有'tr ///'操作符。 – amon

請注意'scalar $ seq'實際上是一個no-op。你可能意思是'標量反向......' – amon

是的，對不起那個！固定。 – Steve

您應該清楚地提出你的問題成爲可能。要求使用正則表達式的解決方案誤導每個人。

自從Perl 5中的14版，你可以在tr///到回修改字符串，而不是改變就地值使用/r修改。如果你想保留原始和倒轉的DNA序列，這可能是最好的解決方案。

這個簡短的程序顯示了一個例子。請注意，tr/// doe 而不是使用正則表達式。使用

use strict; 
use warnings; 
use 5.014; 

my $seq = 'tcatttcaaatcatctggaccaaaagagtcaggaagt'; 
my $inv = $seq =~ tr/atcg/tagc/r; 

say $seq; 
say $inv;

輸出

tcatttcaaatcatctggaccaaaagagtcaggaagt 
agtaaagtttagtagacctggttttctcagtccttca

來源

2014-02-14 04:00:13 Borodin

+1這太聰明瞭！ – Steve

shell命令tr直接，如果你想嘗試一下。

tr "atcg" "tagc" < file

來源

2014-02-14 04:27:40 BMW

如何將一組字母映射到perl中的另一組？

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