AssertionError：無法使用命令生成曲面文件

Question

我得到msms.exe已停止使用這個簡單的腳本，請幫我調試它。我嘗試了不同的PDB，結果相同。你可能想看看ResidueDepth.py。

AssertionError：無法使用命令生成曲面文件： msms -probe_radius 1.5 -if C：\ Users \ Ahmad \ AppData \ Local \ Temp \ tmp2pa74le2 -of C：\ Users \ Ahmad \ AppData \ Local \ Temp \ tmpf7zqwkg6> C：\用戶\艾哈邁德\應用程序數據\本地\ TEMP \ tmpncvn65g4

from Bio.PDB import PDBParser, ResidueDepth 

p = PDBParser() 
s = p.get_structure("X", '1crn.pdb') 
model = s[0] 

rd = ResidueDepth(model, '1crn.pdb') 
print(rd[(chain_id, res_id)]) 

Answer 1

的ResidueDepth代碼取決於pdb_to_xyzr，這是一個bash腳本，不能在窗口運行。關於這個問題here創建了一個問題。