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在我正在製作的程序的這一部分中,我將一個簡單的字母序列轉換爲fasta格式。我需要採用這種fasta格式並放入一個文件格式,以便我可以將它發送到稍後將在代碼中出現的程序。在第3行中,我創建了「fasta.txt」。我需要將第8行fastaform的輸出放入該文件中。在最後一行,我試圖做到這一點,但它不起作用,我不知道如何。我覺得這應該很簡單,但我是新手。發送打印輸出到python中的新文件?
infname = sys.argv[2]
handle = open(infname, "r")
file = open("fasta.txt", "w")
for line in handle:
linearr = line.split()
seqid = linearr[0]
seq = linearr[1]
fastaform = (">%s\n%s\n" % (seqid,seq))
print fastaform >> "fasta.txt"
謝謝!我應該考慮這樣做。 –