共享庫位置爲matlab mex文件：

Question

我想寫一個使用libhdf5的matlab mex函數;我的Linux安裝提供了libhdf5-1.8共享庫和頭文件。不過，我的Matlab版本r2007b在1.6版本中提供了libhdf5.so。 （顯然，Matlab .mat文件bootstrap hdf5）。當我編譯mex時，它在Matlab中進行段錯誤。如果我將我的libhdf5版本降級到1.6（不是長期選項），代碼編譯並運行良好。

問題：我該如何解決這個問題？如何告訴mex編譯過程鏈接到/usr/lib64/libhdf5.so.6而不是/opt/matlab/bin/glnxa64/libhdf5.so.0？當我嘗試在我的編譯做到這一點使用-Wl,-rpath-link,/usr/lib64，我得到這樣的錯誤：

/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../x86_64-pc-linux-gnu/bin/ld: warning: libhdf5.so.0, needed by /opt/matlab/matlab75/bin/glnxa64/libmat.so, may conflict with libhdf5.so.6 
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/crt1.o: In function `_start': 
(.text+0x20): undefined reference to `main' 
collect2: ld returned 1 exit status 

    mex: link of 'hdf5_read_strings.mexa64' failed. 

make: *** [hdf5_read_strings.mexa64] Error 1 

ACK。最後的辦法是下載hdf5-1.6.5頭文件的本地副本並完成它，但這不是未來的證明（我將來會進行一次Matlab版本升級）。有任何想法嗎？

編輯：每Ramashalanka的很好的建議，我

A）稱爲mex -v拿到3個gcc命令;最後一個是鏈接器命令; B）用-v調用該鏈接器命令以獲得collect命令;

C）稱爲collect2 -v -t和其餘的標誌。

我輸出的相關部分：

/usr/bin/ld: mode elf_x86_64 
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/crti.o 
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/crtbeginS.o 
hdf5_read_strings.o 
mexversion.o 
-lmx (/opt/matlab/matlab75/bin/glnxa64/libmx.so) 
-lmex (/opt/matlab/matlab75/bin/glnxa64/libmex.so) 
-lhdf5 (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/libhdf5.so) 
/lib64/libz.so 
-lm (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/libm.so) 
-lstdc++ (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/libstdc++.so) 
-lgcc_s (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/libgcc_s.so) 
/lib64/libpthread.so.0 
/lib64/libc.so.6 
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 
-lgcc_s (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/libgcc_s.so) 
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/crtendS.o 
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/crtn.o 

所以，實際上從/usr/lib64的libhdf5.so被引用。然而，我相信這是由環境變量LD_LIBRARY_PATH覆蓋，我的Matlab版本在運行時自動設置，因此它可以找到它自己的版本，例如， libmex.so等

我想到的是，crt_file.c例如，c它不使用我使用的是的，我使用的功能（H5DOpen，其中有從1.6遷移到1.8的簽名更改（無論是工作B/-DH5_USE_16_API）），或者不太可能，b/c它不會碰到需要hdf5的Matlab內部部分。 ACK。

Answer 1

以下我的系統上工作：

1. 安裝HDF5 1.8.4版本（你已經做到了這一點：我安裝的來源和編制，以確保它是與我的系統兼容，我得到gcc版本和我得到的靜態庫 - 例如我的系統提供的二進制文件是icc具體）。

2. 製作目標文件。您已擁有自己的文件。我使用here的簡單h5_crtfile.c（一個好主意，首先從這個簡單的文件開始尋找警告）。我使用通常的參數將main更改爲mexFunction，其中包括mex.h。

3. 指定要（而且不需要-L爲它的完整路徑）來加載明確，不包括在LDFLAGS-lhdf5的靜態 1.8.4庫。包含一個-t選項，以便確保沒有加載動態hdf5庫。您還需要-lz，並安裝了zlib。達爾文我們還需要一個-bundle在LDFLAGS：

   mex CFLAGS='-I/usr/local/hdf5/include' LDFLAGS='-t /usr/local/hdf5/lib/libhdf5.a -lz -bundle' h5_crtfile.c -v 
   

   對於Linux，需要一個相當的位置無關的呼叫，例如fPIC也許-shared，但我沒有用MATLAB許可證Linux系統，所以我無法檢查：

   mex CFLAGS='-fPIC -I/usr/local/hdf5/include' LDFLAGS='-t /usr/local/hdf5/lib/libhdf5.a -lz -shared' h5_crtfile.c -v 
   

4. 運行h5_crtfile MEX文件。這在我的機器上運行時沒有問題。它只是做一個H5Fcreate和H5Fclose在當前目錄中創建「file.h5」，當我撥打file file.h5時，我得到file.h5: Hierarchical Data Format (version 5) data。

需要注意的是，如果我包括以上步驟3中-lhdf5，則MATLAB中止，當我嘗試運行可執行文件（因爲它然後使用MATLAB的動態庫這對我來說是1.6.5版本），所以這是絕對可以解決我係統中的問題。

感謝您的提問。上面的解決方案對我來說肯定比我之前做的更容易。希望上面的作品適合你。

Answer 2

我接受Ramashalanka的答案，因爲它使我確切的解決方案，我將張貼在這裏只有完整性：

1. 下載從HDF5網站hdf5-1.6.5庫，並安裝頭文件在本地目錄中;
2. 告訴MEX尋找「hdf5.h」這個本地目錄中，而不是在標準的位置（例如/usr/include）
3. 告訴MEX編譯我的代碼和MATLAB提供的共享對象庫，並不是使用LDFLAGS中的-ldfh5標誌。

我用的命令是，主要有：

/opt/matlab/matlab_default/bin/mex -v CC#gcc CXX#g++ CFLAGS#"-Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include" CXXFLAGS#"-Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include " -O -lmwblas -largeArrayDims -L/usr/lib64 hdf5_read_strings.c /opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64/libhdf5.so.0 

此得到由MEX翻譯成命令：

gcc -c -I/opt/matlab/matlab75/extern/include -DMATLAB_MEX_FILE -Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include -O -DNDEBUG hdf5_read_strings.c 
gcc -c -I/opt/matlab/matlab75/extern/include -DMATLAB_MEX_FILE -Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include -O -DNDEBUG /opt/matlab/matlab75/extern/src/mexversion.c 
gcc -O -pthread -shared -Wl,--version-script,/opt/matlab/matlab75/extern/lib/glnxa64/mexFunction.map -Wl,--no-undefined -o hdf5_read_strings.mexa64 hdf5_read_strings.o mexversion.o -lmwblas -L/usr/lib64 /opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64/libhdf5.so.0 -Wl,-rpath-link,/opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64 -L/opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm -lstdc++ 

這個解決方案應該對所有我的各種目標機器和至少工作直到我升級到matlab r2009a，我相信它使用hdf5-1.8。感謝所有的幫助，對於這麼密集感到抱歉 - 我認爲我過分致力於使用hdf5的打包版本，而不是本地的一套頭文件。

注意那麼這一切已經平凡的，如果Mathworks公司提供了一組與Matlab的分佈的頭文件...