2012-08-10 41 views
-7

我怎樣才能製作結果1,2和3的箱型圖除以次要等位基因計數?用於箱形圖編程的R編程

> data 

    mouse.id treatment outcome1 outcome2 outcome3 snp1 snp2 snp3 snp4 snp5 snp6 snp7 snp8 
1  186   2 2427.395 240.635 526.250 0 1 0 0 0 1 0 1 
2  186   3 7922.080 3355.925 1786.400 0 1 0 0 0 1 0 1 
3  187   1 6114.500 1048.615 1375.990 0 0 1 0 0 0 0 0 
4  187   2 2176.345 187.980 631.030 0 0 1 0 0 0 0 0 
5  187   3 8523.140 6054.180 2932.915 0 0 1 0 0 0 0 0 
+3

不是每個人都知道「次要等位基因數」是什麼(特別是因爲該短語根本沒有出現在您的數據中)。你必須解釋,以及展示你到目前爲止所嘗試的。 – joran 2012-08-10 00:27:32

+0

我需要使用boxplot(split(y,g1)),其中y是每個結果,而g1是每個snp分數 – user1586483 2012-08-10 00:33:26

+2

什麼是'y'?什麼是'g1'?這些_those_東西都不會出現在您的數據中。 – joran 2012-08-10 00:37:14

回答

2

也肯定箱線圖的問題,因爲我發現,構建了極大常用和不下工夫去學習它,....但聚集步驟可能會是這樣的:

aggregate(data[, c("outcome1","outcome2","outcome3")], 
      list(rowSums(data[, 6:13])), #construct the by-list 
      FUN=mean) 
#---------- 
    Group.1 outcome1 outcome2 outcome3 
1  1 5604.662 2430.258 1646.645 
2  3 5174.738 1798.280 1156.325 

也許只是圍繞它包裝boxplot

 boxplot(...[ ,2:4], xlab="Sum of minor alleles") 

沒有,我的測試表明我在盒子裏顯得相當無能爲力。這難道不會像表中那樣有效地顯示嗎?

+0

Y是三個結果(1,2,3)的每個結果並且g1是每個基因型評分 – user1586483 2012-08-10 01:03:23

+0

該評論似乎來「出於藍色」。在那個數據輸出中沒有「Y」或「g1」,除非你編輯你的問題來爲該評論創建一些上下文。 – 2012-08-10 01:12:16

+0

我提到Y作爲三種治療的每種結果之一,g1作爲每個snp評分(如0,1,2) – user1586483 2012-08-10 01:18:40