如何顏色代碼散點圖PCoA

所以我對此很陌生。我需要在以下數據矩陣上運行PCoA。我能夠使用ADE4，labdsv，Ginko和Aabel軟件運行我的分析。最讓我困擾的是如何在散點圖中對標籤進行顏色編碼。我矩陣是在順序上有/無基質：如何顏色代碼散點圖PCoA

SpecieName Value1 Value2 
A1   0  1 
A2   1  1 
A3   1  1 
B1   0  0 
B2   0  1 
E1   1  0 
E2   0  0

我想是代表A1，A2和A3紅色，B1和B2在藍色和所有E那些黑色的。任何幫助將不勝感激。

來源

2011-12-03 user486962

只是通過在代表這些羣體的繪圖命令的一個因素：

data = read.table('data.txt', header=T) 

data.pca = prcomp(data[,-1]) 

groups = factor(gsub('(.).', '\\1', data$SpecieName)) 

plot(data.pca$x, col=groups)

enter image description here

另外，如果你想設置具體顏色，你可以隨時索引到一個自定義列表相同的方式：

cols = c('red', 'blue', 'black')[groups] 
plot(data.pca$x, col=cols)

來源

2011-12-03 23:25:11

感謝您的回覆。實際上，我的矩陣就像一個距離矩陣（n * n）。我正在使用cmdscale（distance_matrix，k）來運行主座標分析（PCoA）。所以在我的距離矩陣中，我在第一行和第一列都有硬幣名稱。我使用scatter向我顯示由cmdscale返回的PCoA對象，並且我看到我的物種以我想要的方式繪製。但不知道如何爲它們着色代碼。你提供的答案是否也適用於距離矩陣？ R – user486962

Ahh gotcha，我是一個不知名的初學者。是的，這是爲大多數R繪圖命令提供顏色的標準方法。祝你好運！ –

非常感謝John！ – user486962

如何顏色代碼散點圖PCoA

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