爲大數據優化matlab循環

我想使用雙曲正切（Sigmoid）內核計算兩幅圖像之間的歐幾里德距離。請按照this鏈接，我已經詳細討論了使用高斯內核的相同問題。爲大數據優化matlab循環

如果x=(i,j) & y=(i1,j1)是在我們的圖像中的任何兩個像素則雙曲正切內核，我H(x,y)將其定義爲： H(i,j) = tanh(alpha*(x'*y) + c) 其中alpha和c是參數和x'是x轉置。參數alpha可以作爲1/N，其中N是我的圖像尺寸（在我的情況下是8192 x 200），c可以根據問題採取任何值。關於雙曲正切內核的更詳細的描述可以在here找到。

爲了實現我的目標&保持運行時間的考慮，我寫了下面的MATLAB腳本。

gray1=zeros(8192,200); 
gray2=zeros(8192,200); 

s1 = 8192; 
s2 = 200; 

alpha = s1*s2; 

perms = combvec(1:s2,1:s1); 
perms = [perms(2,:);perms(1,:)]'; 
perms1 = perms; 

gray1(4096,100) = 10; 
gray2(10,100) = 10; 
img_diff = gray1 - gray2; 

display('Calculation of Sigmoid Kernel started'); 

for i = 1:length(perms1) 
    kernel = sum(bsxfun(@times,perms,perms1(i,:))'); 
    kernel1 = tanh((1/alpha)*kernel + 1)'; 
    g_temp(i) = img_diff(:)'*kernel1; 
end 

temp = g_temp*img_diff(:); 
ans = sqrt(temp);

儘管我竭盡全力，我無法進一步對其進行矢量化處理，以降低運行成本。目前，大約需要29個小時才能完成，這對我來說太多了，因爲我想爲各種不同的圖像運行它。我想用一個完全矢量化的形式使用內在的MATLAB函數，就像在高斯內核中由@ dan-man完成的一樣。在他的幫助下，高斯版本需要1-2秒才能完成。在這種情況下，我儘可能使用相同的conv2fft函數，但似乎很難找到實現該方法的方法。

有人可以幫助我刪除一個額外的循環，以獲得算法的運行成本與相同問題的高斯版本相同的比例。

在此先感謝。

來源

2016-08-04 nagarwal

你有什麼配置嗎？ –

哇，你的for循環是'1638400'，這就是很多呃 –

@Ander是的..我已經描繪過它。它只需要花費大約50秒就可以進行780次迭代。因此，對於1638400次迭代，大約需要29個小時。 – nagarwal

獲取與matrix-multiplication擺脫討厭循環的 - 在我的電腦

g_temp = img_diff(:).'*tanh((1/alpha)*(perms*perms.')+1)

來源

2016-08-04 14:56:37 Divakar

對不起，但由於'perms * perms.'會產生一個大小爲1638400 x 1638400的矩陣，因爲內存限制，MATLAB不可能創建這個矩陣。 – nagarwal

用我的時間只有50次迭代，代碼需要2.07s

只是改變了bsxfun線

kernel = sum(bsxfun(@times,perms,perms1(i,:)),2)';

作爲警告建議你可以把它送到1.65s

~~如果您使用神經網絡工具箱和tansig替代tanh，時間的推移，以1.44s~~

如果你寫你自己的tanh作爲

kernel1= (2./(1+exp(-2.*((1/alpha)*kernel + 1)))-1)';

的時間去1.28s

只要這些改變將意味着從29h噸改善18h

並記住預先分配！

g_temp=zeros(length(perms1),1);

來源

2016-08-05 08:52:08

這是可觀的，但不是我想要的改進。我想再次告訴你，我想迭代它幾張不同的圖像（〜5000），因此希望將運行成本降低到秒，就像在高斯內核情況下由@ dan-man完成的那樣。 – nagarwal

感謝您的粗魯和無禮的評論。我已經報道過了。生活小貼士：有時候你可以解決問題，有時你不能。如果你不能做到這一點，你不能爲問題解決方案提供「不存在」證書。與此同時，stackoverflow是討論和解決曾經看起來不可能的事情的平臺，並不涉及與一些自私的傢伙的爭執。 – nagarwal

@nagarwal評論並不意味着無禮。瞭解我有很多事情要做，我寫這些東西非常快。那裏的問題是要說明他們說的是什麼，而提示是真實的。 –

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