如何讀取Python中的公用數據格式（CDF）

Question

我需要使用python讀取CDF文件。我找到了庫，但我不明白如何使用它。例如在這個（pythong lib），我需要下載CDF庫，我不知道在哪裏下載。有CDF的下載頁面，但它似乎與這個庫不相關。

Answer 1

@miraculixx的answer是正確的，但它假定您已經安裝了CDF C Library。

這是一個易於使用的指南，如果您在SO上發現此問題之前甚至不知道CDF文件格式是什麼。

1.下載CDF C庫的最新版本：

你會發現在這個link最新的穩定版本。使用wget獲取源代碼，並提取它。 注意：如果你想在不同的路徑下載代碼，請確保你改變了下面的代碼，下面將在當前文件夾./中創建一個目錄。

wget -r -l1 -np -nd -nc http://cdaweb.gsfc.nasa.gov/pub/software/cdf/dist/latest-release/linux/ -A cdf*-dist-all.tar.gz 
tar xf cdf*-dist-all.tar.gz -C ./ 
cd cdf*dist 

2.安裝所有的依賴：

SpacePy和CDF圖書館有幾個依賴（如@Michal Dyzma指出）。您可以使用conda或pip和apt來安裝它們。

pip install numpy scipy h5py matplotlib networkx 
apt install build-essential gfortran libncurses5-dev 

3.編譯C庫：

你應該已經下載了README.install文件，其中包含在這一步比我提供了很多的更多細節。這兩美分是你想要檢查哪些編譯變量是你的系統和需要的必需/可選的。

make all.help 

我將使用GNU C編譯器構建Linux的發行版。我對FORTRAN界面不感興趣，我的操作系統支持共享庫。我想安裝允許使用基於命令行的交互式CDF工具的基於Curses的工具包程序（這就是爲什麼我們在步驟2中安裝了libncurses5-dev依賴項的原因）。因此，這是最後make命令：

make OS=linux ENV=gnu CURSES=yes FORTRAN=no UCOPTIONS=-O2 SHARED=yes -j4 all 
make install #no sudo 

安裝應該運行平穩，並添加在./bin，./include的所有文件，並./lib子目錄。

4。設置環境變量：

應該有./bin一個名爲definitions.B爲你自​​動做這個，有chmod+x使其可執行和下面的行添加到您的~/.bashrc（注： 1）我假設您在路徑$HOME/Libraries/安裝了該庫; 2）是後.的空間）：

. $HOME/Libraries/cdf/cdf36_3-dist/bin/definitions.B 

重要提示： 上面的文件有它覆蓋它而不是追加到環境變量LD_LIBRARY_PATH在線68一個錯誤。解決方法是容易的，用以下內容替換線68：

export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/Libraries/cdf/cdf36_3-dist/lib:$LD_LIBRARY_PATH 

如果由於某種原因definitions.B是不存在的，只是添加以下內容：

export CDF_BASE=$HOME/Libraries/cdf/cdf36_3-dist 
export CDF_INC=$CDF_BASE/include 
export CDF_LIB=$CDF_BASE/lib 
export CDF_BIN=$CDF_BASE/bin 
export LD_LIBRARY_PATH=$CDF_BASE/lib:$LD_LIBRARY_PATH 

5.大功告成，去做吧：

假設你安裝了spacepy與pip下面應該開箱即用：

from spacepy import pycdf 
cdf = pycdf.CDF('/path/to/file.cdf') 
print(cdf) 

Answer 2

如果你有Python的工具包，pip安裝，就可以得到spacepy CDF庫如下：

$ pip install git+https://github.com/spacepy/spacepy.git 

注意這將安裝一個很大的依賴性，包括numpy的和SciPy的的。從頭開始安裝可能有點困難。您可能想要首先安裝現成包裝，例如anaconda。一旦完成，只需使用上述命令，spacepy應該像微風一樣安裝。

一旦安裝spacepy是成功的，根據這個example它應該工作是這樣的：

from spacepy import pycdf 
cdf = pycdf.CDF('/path/to/file.cdf') 
print(cdf) 

Answer 3

前段時間我有同樣的問題。我假設，你在Windows上工作...

根據Spacepy文檔，你需要幾個依賴來使用它的cdf模塊。

第一個它的所有spacepy官方只支持32位的python版本，因此你必須在323bit有python。

第二個，它需要NASA CDF庫安裝在你的系統（也是32位版本）。您可以從 here中獲取。

三與Spacepy依賴着手：

• numpy的
• SciPy的
• matplotlib
• h5py
• networkx
• ffnet

其中大部分都是Anaconda包的一部分。如果他們不是，你只需要安裝他們pip install <package name>。

如果您在編譯源代碼時遇到問題，我建議您去Christoph Gohlke網站並獲取與您的python版本匹配的預構建的二進制文件。 http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/

這應該讓你用Spacepy CDF模塊去。

您也可以嘗試其他方法。從NASA頁面下載CDF到NetCDF轉換器並在CDF文件上運行它。

Python有很好的netCDF模塊，可以從GitHub或python repo安裝。在這種情況下，您還需要一些依賴項，如HDF5，netCDF-4，numpy，cython。

一旦你有了netCDF文件，你可以通過netCDF模塊或者scipy.io模塊訪問它。