如何輸出中SED/samtools導致進入新目錄

我有改變染色體的名字下面的sed命令：如何輸出中SED/samtools導致進入新目錄

for file in /myoldpath/*.bam; do filename=`echo $file | cut -d "." -f 1`; samtools view -H $file | sed -e 's/SN:\([0-9XY]\)/SN:chr\1/' -e 's/SN:MT/SN:chrM/' | samtools reheader - $file > /mynewpath/${filename}_chr.bam; done

我quesion是如何結果插入一條新路，同時保持變量$文件名作爲每個新文件名的一部分？它總是在/ mynewpath /中插入結果到/ myoldpath /或在「my.path.bam」中輸出。我錯過了該部分的語法$file > /mynewpath/${filename}_chr.bam？

任何幫助，將不勝感激

來源

2017-01-06 Alexis_543

來源

2017-01-06 09:09:40

謝謝@lurii的迴應。我試過這個，但是我得到了一個「_chr_bam」形式的輸出。這裏是我的嘗試：'在/myoldpath/*.bam文件; do filename = $（echo $ file | cut -d「。」-f 1）; samtools視圖-H $文件| sed -e's/SN：（[0-9XY]）/ SN：chr \ 1 /'-e's/SN：MT/SN：chrM /'| samtools reheader - $ file> /mynewpath/${filename}_chr.bam;完成' –

如果將命令更改爲/mynewpath/${file}_chr.bam，那麼文件名是什麼樣子？ –

你可以試試這個文件名= $（echo $ file | rev | cut -d「/」-f 1 | rev | cut -d「。」-f1）; –

如何輸出中SED/samtools導致進入新目錄

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