使用'foreach'在R中運行所有可能的排列

我無法理解如何使代碼並行。我的願望是從20個矩陣中找出3個向量，對我的測量變量產生最接近的線性迴歸（這意味着總共有1140個不同的組合）。目前，我能夠使用3個嵌套的foreach循環返回最佳向量。但是，我的願望是讓外部循環（或全部）平行工作。任何幫助，將不勝感激！使用'foreach'在R中運行所有可能的排列

這裏是我的代碼：

NIR= matrix(rexp(100, rate=0.01),ncol=20, nrow = 4) #Creating the matrix with 20 vectors 
colnames(NIR)=c(1:20) 

S.measured=c(7,9,11,13) #Measured variable 

bestvectors<-matrix(data=NA,ncol = 3+1, nrow= 1) #creating a vector to save in it the best results 

###### Parallel stuff 
no_cores <- detectCores() - 1 
cl<-makeCluster(no_cores) 
registerDoParallel(cl) 

#nested foreach loop to exhaustively find the best vectors 
foreach(i=1:numcols) %:% 
    foreach(j=i:numcols) %:% 
    foreach(k=j:numcols) %do% { 
     if(i==j|i==k|j==k){ #To prevent same vector from being used twice 
     } 
     else{ 
     lm<-lm(S.measured~NIR[,c(i,j,k)]-1) # package that calculates the linear regression 
     S.pred<-as.matrix(lm$fitted.values) # predicted vector to be compared with the actual measured one 
     error<-sqrt(sum(((S.pred-S.measured)/S.measured)^2)) # The 'Error' which is the product of the comparison which we want to minimize 


#if the error is smaller than the last best one, it replaces it. If not nothing changes 

if(error<as.numeric(bestvectors[1,3+1])|is.na(bestvectors[1,3+1])){ 
      bestvectors[1,]<-c(colnames(NIR)[i],colnames(NIR)[j],colnames(NIR)[k],as.numeric(error)) 
      bestvectors[,3+1]<-as.numeric(bestvectors[,3+1]) 
     } 
     } 
    }

來源

2017-01-12 Jones

可能最簡單的枚舉1140組合，然後並行化，而不是使用多個嵌套循環。（我沒有使用'foreach'，所以沒有完整的答案。） – Frank

我使用的例子很簡單。實際上，我正在尋找150箇中最好的5個向量，其結果是591,600,030個組合。我不認爲列舉所有的組合將是實際的。 – Jones

也許它比'stats.stackexchange.com'更接近R編程。有一些方法可以處理組合式爆炸，如逐步選擇 –

使用foreach一般建議：

使用foreach(i=1:numcols) %dopar% { ... }，如果你想你的代碼在多內核上運行。 %do%修飾器不完美地模擬並行性，但在單個核心上運行。
%dopar%產生的進程在循環運行時不能互相通信。因此，設置您的代碼以輸出R對象，如data.frame或vector，然後再進行比較。在你的情況下，if(error<as.numeric ...行中的邏輯應該在主循環之後順序執行（不是並行）。
嵌套%dopar%循環的行爲在不同操作系統中不一致，並且不清楚它是如何產生跨內核的進程的。爲了獲得最佳性能和便攜性，請在最外面的循環中使用一個單獨的foreach循環，然後在其中使用vanilla for循環。

來源

2017-01-12 19:22:06

謝謝！我最終創建了3個嵌套的'foreach'循環，其中兩個使用'％do％'裝飾器，而另外兩個使用'％dopar％'。現在我的問題是邏輯陳述「if（error Jones

如果你的內部循環使用for（...）{...}而不是foreach（），你將會有更好的時間使用「.combine =」參數。。）％做到％{...}'。 –

此外，您可能想要以相同的方式並行化查找最小錯誤的過程。如果您的機構可以訪問分佈式計算，請查看R分佈，以便在集羣上自動並行化應用樣式函數。 –

使用'foreach'在R中運行所有可能的排列

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