如何從命令行使用cTAKES？

Question

我想知道如何從命令行使用Apache cTAKES。

E.g. ：

• 我有一個文件note.txt包含一些文本，如「病人有 血糖升高，但檢查確認無糖尿病患者的父親 成年發病型糖尿病。」
• 我想使用所提供的分析引擎 \apache-ctakes-3.2.2-bin\apache-ctakes-3.2.2\desc\ctakes-clinical-pipeline\desc\analysis_engine\AggregatePlaintextUMLSProcessor.xml

我怎樣才能使用 命令行（分析發動機的輸出（即註釋），即不使用圖形用戶界面，比如UIMA CAS 可視調試器或收集處理引擎）？我寧願 使用提供的JAR文件，而不必編譯代碼。

這個問題相當簡單，但我找不到 cTAKES's README或 Confluence中的信息。

Answer 1

請嘗試以下步驟，從命令行中使用cTAKES CPE（重點班是 「org.apache.uima.examples.cpe.SimpleRunCPE」）：

1. 目錄更改爲$ CTAKES_HOME/desc/ctakes-clinical-pipeline/desc/collection_processing_engine/

2. 將test_plaintext.xml複製到另一個文件（例如「test_plaintext_test.xml」）。

3. 編輯「test_plaintext_test.xml」設置輸入目錄;找到名稱爲「InputDirectory」的「nameValuePair」，並將值字符串設置爲輸入目錄。下面的示例設置的輸入目錄爲 「$ CTAKES_HOME/note_input」：

   <nameValuePair> 
       <name>InputDirectory</name> 
       <value> 
        <string>note_input</string> 
       </value> 
   </nameValuePair> 
   

4. 同樣，編輯 「test_plaintext_test.xml」 來設置輸出目錄（ 「$ CTAKES_HOME/result_output」 在下面的示例）：

   <nameValuePair> 
       <name>OutputDirectory</name> 
       <value> 
        <string>result_output</string> 
       </value> 
   </nameValuePair> 
   

5. 保存 「test_plaintext_test.xml」 並將目錄更改爲$ CTAKES_HOME /箱。

6. 將runctakesCPE.sh複製到另一個文件（例如「runctakesCPE_CLI.sh」）。

7. 編輯「runctakesCPE_CLI.sh」;將最後一行（「java ...」）替換爲以下行（「USER」和「PW」應由您的UMLS用戶名和密碼替換，並且可根據內存大小調整內存設置Xms和Xms你的機器）上：

   java -Dctakes.umlsuser=USER -Dctakes.umlspw=PW -cp $CTAKES_HOME/lib/*:$CTAKES_HOME/desc/:$CTAKES_HOME/resources/ -Dlog4j.configuration=file:$CTAKES_HOME/config/log4j.xml -Xms2g -Xmx3g org.apache.uima.examples.cpe.SimpleRunCPE $CTAKES_HOME/desc/ctakes-clinical-pipeline/desc/collection_processing_engine/test_plaintext_test.xml 
   

8. 保存 「runctakesCPE_CLI.sh」，然後創建輸入目錄（ 「$ CTAKES_HOME/note_input」）和輸出目錄（ 「$ CTAKES_HOME/result_output」）。

9. 將您的note.txt放入輸入目錄（例如「$ CTAKES_HOME/note_input/note.txt」），然後運行「runctakesCPE_CLI.sh」。

10. cTAKES CPE將在命令行模式下開始運行，並且生成的文件將在輸出目錄中生成（例如「$ CTAKES_HOME/result_output/note.txt.xml」）。

我實際使用您的note.txt運行上述步驟，這裏是note.txt.xml產生的前幾行：

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?><CAS version="2"> 
     <uima.cas.Sofa _indexed="0" _id="3" sofaNum="1" sofaID="_InitialView" mimeType="text" sofaString="Patient had elevated blood sugar but tests confirm no diabetes. Patient's father had adult onset diabetes.&#10;"/> 
     <org.apache.ctakes.typesystem.type.structured.DocumentID _indexed="1" _id="1" documentID="note.txt"/> 
     <uima.tcas.DocumentAnnotation _indexed="1" _id="10" _ref_sofa="3" begin="0" end="107" language="x-unspecified"/> 
     <org.apache.ctakes.typesystem.type.textspan.Segment _indexed="1" _id="15" _ref_sofa="3" begin="0" end="107" id="SIMPLE_SEGMENT"/> 
     <org.apache.ctakes.typesystem.type.textspan.Sentence _indexed="1" _id="21" _ref_sofa="3" begin="0" end="63" sentenceNumber="0"/> 

希望這有助於:-)

Answer 2

java -Dctakes.umlsuser=USER -Dctakes.umlspw=PW -cp $CTAKES_HOME/lib/*;$CTAKES_HOME/desc/;$CTAKES_HOME/resources‌​/ - Dlog4j.configuration=file:$CTAKES_HOME/config/log4j.xml -Xms2g -Xmx3g to_replace $CTAKES_HOME/desc/ctakes-clinical-pipeline/desc/collection_p‌​rocessing_engine/tes‌​t_plaintext_test.xml

替換爲 「to_replace」 要麼

org.apache.ctakes.ytex.tools.RunCPE or org.apache.ctakes.core.cpe.CmdLineCpeRunner