如何在使用ncdf4 :: ncvar_get時指定尺寸順序？

Question

繼上一個問題之後（Faster reading of time series from netCDF?）我重新排列了我的netCDF文件以提供快速的時間序列讀取（scripts on github to be cleaned up eventually ...）。

總之，爲了使讀取速度更快，我已將尺寸從lat, lon, time重新排列爲time, lat, lon。現在，我現有的腳本打破，因爲他們認爲該尺寸將永遠是lat, lon, time，以下ncvar_get的ncdf4文檔中，「開始」的說法：

秩序是XYZT（即時間維度是最後一個）

但是，事實並非如此。

此外，通過命令行netCDF實用程序ncdump -h和R功能ncdf4::nc_open列出的變量順序存在相關不一致。第一個表示尺寸是預期的（經度，緯度，時間）順序，而後者則用時間先確定尺寸（時間，緯度，經度）。

對於一個小例子，下載文件test.nc和運行

bash-$ ncdump -h .nc 
bash-$ R 
R> library(ncdf4) 
R> print(nc_open("test.nc") 

我想要做的就是從變量「lwdown」

my.nc <- nc_open("test.nc") 

得到記錄5-15不過這並未」因爲R先看到時間維度，所以我必須將腳本更改爲

ncvar_get(my.nc, "lwdown", start = c(5, 1, 1), count = c(10, 1, 1)) 

除了我希望能夠從文件讀取數據而不管維度順序如何，更新我的腳本和函數並不會那麼糟糕。

除了是否有一種方法來概括此函數，使其獨立於維度順序？

Answer 1

在問這個問題，我想出了這個解決方案，但仍有改進的餘地：

我能得到最接近的是打開文件，找到這樣的順序：

my.nc$var$lwdown$dim[[1]]$name 
[1] "time" 
my.nc$var$lwdown$dim[[2]]$name 
[1] "lon" 
my.nc$var$lwdown$dim[[3]]$name 
[1] "lat" 

這是一個有點不滿意，但它使我這個解決方案：

如果我想在c(lat = 1, lon = 1, time = 5)開始，但ncvar_get預計任意順序，我可以說」

start <- c(lat = 1, lon = 1, time = 5) 
count <- c(lat = 1, lon = 1, time = 10) 
dim.order <- sapply(my.nc$var$lwdown$dim, function(x) x$name) 

ncvar_get(my.nc, "lwdown", start = start[dim.order], count = count[dim.order])