如何與R

運行bash腳本我有名字test.sh bash腳本的文件夾Ç存在：/測試如何與R

問題來源：

的主要理由運行bash in r，其實我有.nc4文件用r下載，我想通過在r中使用gdalinfo來獲得它的bandinfo，這在bash中比在r中更容易。那爲什麼我在bash中準備了另一個可以讀取這些.nc4文件的腳本。

搜索發佈

之前，我在r中'系統」，但設置文件夾的路徑在我的bash的文件退出我感到R中嘗試這一命令

x <- "bash test.sh" #my bash file which i want to run in r 
system(x, intern = TRUE,ignore.stdout = FALSE, ignore.stderr = FALSE, wait = TRUE, input = NULL, show.output.on.console = TRUE,minimized = FALSE, invisible = TRUE)

，但得到之後搜索功能這個錯誤

Error in system(x, intern = TRUE, ignore.stdout = FALSE, ignore.stderr = FALSE, : 
    'bash' not found

致謝

非常感謝解決這個問題。我第一次使用Rstudio。

來源

2017-02-25 Muhammad Usman Saleem

@hrbrmstr，這裏使用bash的原因實際上它比b更容易使用gdalinfo獲得樂隊。從nc4文件中獲得我的選擇性樂隊後，我想在我的** shapefile **的幫助下裁剪這個樂隊。任何容易接近你可以引導我好嗎？我有** ncdf4 **包在r –

對於那些尋找類似的東西，並找到這個問題，發表一個新的問題與完整的細節，因爲這有很多in-R的答案，但沒有點試圖梳理出信息評論 - 在這裏評論。 – hrbrmstr

看起來'bash'不在你的PATH中？ –

我有名稱的bash腳本文件夾C test.sh存在：/測試

你使用的是Windows，和bash腳本都是爲了Unix/Linux操作系統。所以這是行不通的。

您必須安裝bash shell來運行bash腳本。初學者可以試試Cygwin;有關在Cygwin中運行bash腳本的示例問題，請參見here。或者，如果您使用的是Windows 10，則可以安裝bash for Windows子系統。在後一種情況下，您的Windows文件系統可通過/mnt/<drive letter>訪問。所以腳本c:\test\test.sh將是/mnt/c/test/test.sh。

來源

2017-02-25 13:52:54

我在使用Cygwin的窗口上使用Lunix命令，並在設置其路徑後，我從** osgeo4w **調用它。 _bash_ sccript在窗口上運行良好。親愛的我想調用一個處理nc文件（我的r代碼的一個protion）的bash腳本，並且我必須在我的for循環中運行這個，以便我的那部分代碼可以用bash執行。**問題是在rstudio中調用bash文件，我的問題是關於那** –

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