子類別ggplot2 legend

我發佈這是我的第一個問題，請耐心等待。我有這個數據框。子類別ggplot2 legend

df <- data.frame(Class = c("Burkholderiales", "Burkholderiales", "Burkholderiales", "unclassified", "Burkholderiales", "Burkholderiales", "Rhodocyclales", "Burkholderiales", "Burkholderiales", "Burkholderiales", "Rhodocyclales", "Rhodocyclales", "Burkholderiales", "Rhodocyclales", "Rhodocyclales", "Rhodocyclales", "Burkholderiales", "Rhodocyclales", "Rhodocyclales", "Rhodocyclales", "Burkholderiales", "Burkholderiales", "Burkholderiales", "Burkholderiales", "Rhodocyclales", "Rhodocyclales", "Burkholderiales", "Rhodocyclales", "Burkholderiales", "Rhodocyclales"), 
Genus = c("unclassified", "unclassified", "unclassified", "unclassified", "unclassified", "unclassified", "unclassified", "unclassified", "unclassified", "Paucibacter", "Dechloromonas", "unclassified", "unclassified", "unclassified", "Dok59", "Dechloromonas", "Hydrogenophaga", "Dechloromonas", "Uliginosibacterium", "Propionivibrio", "Hydrogenophaga", "unclassified", "Hydrogenophaga", "unclassified", "Sulfuritalea", "Dechloromonas", "unclassified", "Propionivibrio", "unclassified", "Dechloromonas"))

我已經使用這個代碼

library("ggplot2") 
ggplot(df, aes(x = Class, fill = Genus)) + 
    geom_bar() + 
    coord_flip()

做了一個情節，它看起來像這樣

enter image description here

我想在次範疇傳說，使T已經名稱該類和下面的每個類都有不同的顏色。例如，它可能看起來像兩個傳說，一個用於Rhodocyclales，另一個用於Burkholderiales，它們下面有各自的屬和顏色。如果可能的話，我想保留顏色順序。這可能與ggplot2？

來源

2014-06-20 user3340052

'ggplot'中的基本設計是[每個'aes'thetic]的一個縮放比例（https://groups.google.com/forum/#!topic/ggplot2/lDvsd4yJ0AE）。因此需要各種程度醜陋的解決方案，通常涉及創建一個或多個繪圖對象，操縱該對象的各種組件，然後從操縱的對象產生新的繪圖。 – Henrik

這是我過去使用過的解決方法。這不是完美的，仍然需要一些調整，但至少它將傳說分開，如你所願。假設你有上面定義的data.frame df，這裏是分解圖例的一種方法。

library(ggplot2) 
library(plyr) 
library(gtable) 
library(gridExtra) 

p_list <- dlply(df, .(Class), function(x) { 
     library(ggplot2) 
     x$Genus <- format(x$Genus, width=30) 
     ggplot(aes(x = Class, fill = Genus), data=x) + 
     geom_bar() + coord_flip() + ylim(0, 15) + 
     scale_x_discrete(labels=function(x) format(x, width = 30)) 
}) 
grob_list <- llply(p_list, ggplotGrob) 
grid.arrange(grob_list[[1]], grob_list[[2]], grob_list[[3]], ncol=1)

enter image description here

有剩餘的兩個問題：

顏色可能無法跨越地塊匹配，所以在不同的地塊同屬將可能有不同的顏色。您可以嘗試使用Genus字段的因子，因此類別在每個圖中都是相同的。
由於現在的圖例和x軸標籤位於不同的圖中，對齊這兩個圖有點棘手。我通過格式函數調用設置了一個常量寬度來添加一些緩衝區。但是，正如您所看到的，圖中的x軸仍未正確對齊。

我不得不承認，過去這些問題對我來說有些乏味，所以我會留給你弄明白。在stackoverflow中有一個問題可以解決這些其他問題。

來源

2014-06-21 15:34:55 JAponte

子類別ggplot2 legend

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