如何按以下格式堆疊R中的數據？

我有一個數據幀，其看起來像這樣：如何按以下格式堆疊R中的數據？

inten  new.probes 
    12.28280  AFFX-r2-P1-cre-5_at 
    12.35039  AFFX-r2-P1-cre-5_at 
    12.38397  AFFX-r2-P1-cre-5_at 
    12.36304  AFFX-r2-P1-cre-5_at 
    12.16271  AFFX-r2-P1-cre-5_at 
    12.70304  AFFX-r2-P1-cre-3_at 
    12.28280  AFFX-r2-P1-cre-3_at 
    12.35039  AFFX-r2-P1-cre-3_at 
    12.38397  AFFX-r2-P1-cre-3_at 
    12.36304  AFFX-r2-P1-cre-3_at 
    12.16271  AFFX-r2-P1-cre-2_at 
    12.70304  AFFX-r2-P1-cre-2_at 
    12.16271  AFFX-r2-P1-cre-2_at 
    12.70304  AFFX-r2-P1-cre-2_at

（以上是在形式與probenames爲一列和信號強度值作爲其他兩個單獨的列）我想要的數據幀按以下方式轉換：

AFFX-r2-P1-cre-5_at 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304 12.16271 
AFFX-r2-P1-cre-3_at 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304 12.16271 
AFFX-r2-P1-cre-2_at 12.38304 12.36304 12.38397 12.16271 12.70304

歡迎任何建議。這是一個很大的數據集，我只給了它一小部分的幫助。

來源

2012-08-13 Stacey John

你試一下？任何代碼？ – dickoa 2012-08-13 13:38:01

你對每個探針總是有5個值嗎？ – sgibb 2012-08-13 13:38:14

如果您有相同數量的new.probes價值元素，你也可以使用：

do.call(rbind, unstack(dat)) 
         [,1]  [,2]  [,3]  [,4]  [,5] 
AFFX-r2-P1-cre-2_at 12.16271 12.70304 12.16271 12.70304 12.16271 
AFFX-r2-P1-cre-3_at 12.70304 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304 
AFFX-r2-P1-cre-5_at 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304 12.16271 
Warning message: 
In function (..., deparse.level = 1) : 
    number of columns of result is not a multiple of vector length (arg 1)

但是，這顯然是錯誤的 - 你需要墊短向量與NA：

x <- unstack(dat) 
m <- max(sapply(x, length)) 
do.call(rbind, lapply(x, function(x)c(x, rep(NA, m-length(x))))) 

         [,1]  [,2]  [,3]  [,4]  [,5] 
AFFX-r2-P1-cre-2_at 12.16271 12.70304 12.16271 12.70304  NA 
AFFX-r2-P1-cre-3_at 12.70304 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304 
AFFX-r2-P1-cre-5_at 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304 12.16271

來源

2012-08-13 13:48:57 Andrie

我總是有53個值和大約22800個探針 – 2012-08-13 14:12:55

@DhivyaaReddy在這種情況下，'do.call（rbind，unstack（dat））'應該可以正常工作。 – Andrie 2012-08-13 14:19:24

謝謝，它確實有用。 – 2012-08-13 14:23:36

這是我會怎麼處理這個問題：

確保new.probes變量是排序的。
使用sequence()和rle()爲每個new.probes生成一個「時間」變量。
使用reshape()來轉換數據。

下面是您的示例數據（假設它被命名爲「DF」）的一個工作示例。

DF = DF[order(DF$new.probes), ] 
DF$time = sequence(rle(as.vector(DF$new.probes))$lengths) 
reshape(DF, direction = "wide", idvar = "new.probes", timevar = "time") 
#    new.probes inten.1 inten.2 inten.3 inten.4 inten.5 
# 11 AFFX-r2-P1-cre-2_at 12.16271 12.70304 12.16271 12.70304  NA 
# 6 AFFX-r2-P1-cre-3_at 12.70304 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304 
# 1 AFFX-r2-P1-cre-5_at 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304 12.16271

或者，如果你喜歡在reshape2的語法基礎R的reshape，更換第3步：

require(reshape2) 
dcast(DF, new.probes ~ time, value.var = "inten")

來源

2012-08-13 17:00:19 A5C1D2H2I1M1N2O1R2T1

如何按以下格式堆疊R中的數據？

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