類型'環境'的R對象不是子集

我正在做間隔刪失數據的生存分析，我試圖使用incox包中的intcox（）函數做Cox迴歸。我已經用survfit（）完成了部分分析，並且一切正常。類型'環境'的R對象不是子集

當我嘗試使用intcox，總有一個問題：

> intcox(Surv(tempo2,tempo1,type="interval2")~dados$sexo) 
Error in copy.data[ord, ] : 
    object of type 'environment' is not subsettable 

> intcox(Surv(tempo2,tempo1,type="interval2")~sexo, data=dados) 
Error in if (any(derivs.wert$g1 <= 0)) { : 
    missing value where TRUE/FALSE needed 
In addition: Warning messages: 
1: In Surv(data$mix, lokal.cens) : Invalid status value, converted to NA 
2: In coxph(formula, data) : X matrix deemed to be singular; variable 1

dados $ sexo是三個層次的一個因素，dados是156個觀察和52個變量列表。進行Kaplan-Meier分析或在沒有間隔數據的情況下使用coxph（）時沒有問題。當我使用其他變量時，問題似乎是相同的。
我，使用R 3.0.1

**更新**
我並沒有改變任何事情，現在的錯誤是這樣的：

> intcox(Surv(tempo2,tempo1,type="interval2")~dados$sexo) 
Error in intcox(Surv(tempo2, tempo1, type = "interval2") ~ dados$sexo) : 
    Invalid cens status 

> intcox(Surv(tempo2,tempo1,type="interval2")~sexo, data=dados) 
Error in intcox(Surv(tempo2, tempo1, type = "interval2") ~ sexo, data = dados) : 
    Invalid cens status

來源

2014-01-31 JMarcelino

我相信你的第一行的語法是無效的。在第二個版本中，「Surv」返回的「NA」是導致錯誤信息的原因。如果這是因爲你有一個單一的矩陣（第二個警告），那麼你正在使用一個與你的數據集不兼容的工具。 –

@Carl Witthoft我幾乎可以肯定兩個版本都是一樣的。如果我單獨運行** Surv（tempo2，tempo1，type =「interval2」）**，則結果是預期的（Surv對象）。我認爲唯一的可能是錯誤的來源是我混合了審查數據（右刪失，間隔刪失和未刪失），文檔沒有提到這種情況，儘管它表示接受interval2類型的Surv對象。 – JMarcelino

對於你的第一個問題，

>intcox(Surv(tempo2,tempo1,type="interval2")~sexo, data=dados) 
Error in if (any(derivs.wert$g1 <= 0)) { : 
missing value where TRUE/FALSE needed 
In addition: Warning messages: 
1: In Surv(data$mix, lokal.cens) : Invalid status value, converted to NA 
2: In coxph(formula, data) : X matrix deemed to be singular; variable 1

它是由於您的數據框中的變量是其他變量的線性組合，這使得X矩陣非單一，如第二個警告所暗示的。

coxph可以通過將這些變量的係數設置爲NA來處理這個非奇異問題。然而，不幸的是，這個intcox包不是很健壯。一種解決方案是首先使用一些線性模型找出這些變量，並從數據框中消除它們。然後離開你去。

關於第二個問題，

> intcox(Surv(tempo2,tempo1,type="interval2")~sexo, data=dados) 
Error in intcox(Surv(tempo2, tempo1, type = "interval2") ~ sexo, data = dados) : 
    Invalid cens status

可能是你沒有制定以正確的方式你的數據集。我不能提供更多幫助，因爲您沒有提供有關變量tempo1和tempo2的含義的更多信息。

來源

2015-01-20 19:15:56

類型'環境'的R對象不是子集

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