sed的 - 未結束的'S'命令

-1

cat BP.csv | while read line ; do 
    goterm=$(awk '{print $1}') ; 
    name=$(awk '{print $2}') ; 
    grep -w "$goterm" GOEA.csv | sed "s/$goterm/pi/g" ; 
done

文件BP.csv具有以下格式：

GO:0008283 cell proliferation 
GO:0009405 pathogenesis 
GO:0010201 response to continuous far red light stimulus by the high-irradiance response system 
GO:0009641 shade avoidance

而GOEA.csv具有以下格式：

4577 GO:0006807 0.994 2014_06_01 
4577 GO:0016788 0.989 2014_06_01 
4577 GO:0043169 0.977 2014_06_01 
4577 GO:0043170 0.963 2014_06_01

sed不起作用。我想改變GO:0043170例如，字符串「圓周率」，但它給：

sed: -e expression #1, char 12: unterminated `s' command

爲什麼？謝謝。

來源

2014-07-03 user2979409

goterm的價值是什麼？ –

@Avinash拉傑，真的嗎？你不能看到goterm是文件BP.csv的第一列嗎？ – user2979409

Ick，你知道這兩個'awk'命令都是從'stdin'讀取的，而不是'$ line'變量，對吧？ – ams

你對沒有輸入運行您awk命令，試試這個：

cat BP.csv | while read line ; do 
    goterm=$(awk '{print $1}' <<< "$line") ; 
    name=$(awk '{print $2}' <<< "$line") ; 
    grep -w "$goterm" GOEA.csv | sed "s/$goterm/pi/g" ; 
done

來源

2014-07-03 15:44:15 Tiago

+1。 awk實際上是針對stdin運行的，所以'$ goterm'包含了從第2行開始的第一列值的換行分隔列表。由於's'表達式在中間有一個非轉義字面換行，sed說它沒有終止。 –

@thatotherguy你是對的，否則awk會掛起等待輸入。 – Tiago

我會重組這整個事情更是這樣的：

while read goterm restofline 
do 
    grep -w "${goterm}" GOEA.csv | sed -e "s/${goterm}/pi/g" 
done < BP.csv

沒有理由awk的事情，作爲bashread如果你給它多個變量，內建函數將爲你做基本的場分割。此外，您還沒有使用name，所以不需要。 cat也是不必要的。

根據您的具體使用情況，即使是grep可能是不必要的，使內部命令只是sed -ne "s/${goterm}/pi/gp" GOEA.csv。除非你的宗旨，爲grep -w是消除線路，其中${goterm}是一個詞，而不是整個詞的一個子......

以供將來參考，插入你在你的腳本環上方的set -x會告訴你是確切的命令正在運行，以便您可以將它們與您的期望進行比較。

來源

2014-07-03 17:20:52 twalberg

讓我們來收拾這個代碼位：

while read goterm name 
do 
    grep -w "$goterm" GOEA.csv | sed "s/$goterm/pi/g" 
done < BP.cvs

的問題是，你的awk語句正試圖從STDIN就像你while是做閱讀。您正在閱讀相同的輸入流。

你想要做的是從你的線拉出值。我使用read來做到這一點。 read語句使用$IFS中的值分隔輸入。這通常是空格，製表符和換行符。 read將讀取放置在行上的每個變量，並且讀入的最後一個值包含行的全部剩餘部分。

這樣：

while read line

讀取整條生產線，同時：

while goterm name

將打破行

goterm="GO:0008283" 
name="cell proliferation"

一兩件事。當您使用grep和sed在一起，你也許可以逃脫只是sed：

while read goterm name 
do 
    sed -n "/$goterm/s/$goterm/pi/gp" GOEA.csv 
done < BP.csv

的sed命令格式爲：

/lines/command/parameters/

所以，我在尋找線，$goterm他們，那麼我用pi代替$goterm。 -n表示不打印出行，因爲sed處理它們，並且p表示打印出替代品所在的行。

順便說一句，csv作爲文件後綴意味着逗號分隔值但既不是文件看起來是逗號分隔。這些選項卡是分隔每個字段嗎？如果是這樣，您需要將$IFS修改爲製表符。

來源

2014-07-03 18:26:49

sed的 - 未結束的'S'命令

回答

相關問題