如何確定每三行是否有所需的字母數？

Question

我有一個大數據集，想檢查每三行是否有所需的基數。

例如：

line 1 
line 2 
ATTGAC 
line 4 
line 5 
TTCGGATC 
line 7 
line 8 
GGTCAA 

所以第6行包含8個鹼基，而不是6.我想我的腳本停止，如果是這種情況。

Answer 1

聽起來像是AWK作業：

awk 'NR % 3 == 0 && length($0) != 6 { print "line " NR " is the wrong length"; exit }' file 

當記錄數NR是3的倍數和所述線的長度是不是6，打印消息並退出。從你的例子

輸出（假設所有這些空行不應該在那裏）：

$ awk 'NR % 3 == 0 && length($0) != 6 { print "line " NR " is the wrong length"; exit }' file 
line 6 is the wrong length 

Answer 2

您可以確定在猛砸變量字符數量與$ {＃} VarName中。

Answer 3

如果你只想檢查任何一行是否超過6個字符，你可以使用wc -L，它給你最大行長度。爲了只抓取每一行，sed可以用於n〜m（從第n行開始的第m行）。 這一個班輪返回線3，6，9的最大線長，...

sed -n '0~3p' foo | wc -L