rjava依賴程序包安裝分段錯誤（核心轉儲）

我正試圖重新安裝我以前能夠安裝和使用的程序包。在我的電腦意外重新啓動後，我正在構建我自己的軟件包，然後我開始在加載rpgraph軟件包時遇到問題。所以我決定卸載它並重新安裝它。當我這樣做，我得到了以下錯誤：rjava依賴程序包安裝分段錯誤（核心轉儲）

library(devtools) 

library(rJava) 
install_github("Albluca/rpgraph") 


Downloading GitHub repo Albluca/[email protected] 
from URL https://api.github.com/repos/Albluca/rpgraph/zipball/master 
Installing rpgraph 
Running command /usr/lib/R/bin/R 
Arguments: 
CMD 
INSTALL 
/tmp/Rtmp5OrtLL/devtools505a703b3ccd/Albluca-rpgraph-de04f96 
--library=/home/gonzalo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4 
--install-tests 

installing source package ‘rpgraph’ ... 
** R 
** data 
*** moving datasets to lazyload DB 
** inst 
** preparing package for lazy loading 
** help 
*** installing help indices 
** building package indices 
** installing vignettes 
** testing if installed package can be loaded 
Segmentation fault (core dumped) 
ERROR: loading failed 
removing ‘/home/gonzalo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/rpgraph’ 
Installation failed: run(bin, args = real_cmdargs,   stdout_line_callback = real_callback(stdout), stderr_line_callback =  real_callback(stderr), stdout_callback = real_block_callback,  stderr_callback = real_block_callback, echo_cmd = echo, echo = show,  spinner = spinner, error_on_status = fail_on_status, timeout = timeout) :  System command error`

我嘗試重新安裝Java和CRAN從零但不知何故，有一些東西留在我的系統，可避免要安裝的軟件包。另外，由於錯誤信息量不大，我不知道如何縮小問題的位置。

感謝您提供的任何幫助。

來源

2017-06-21 gonzalipto

我可以在這裏提出的建議是使用JDK，rJava和R來獲得一切。如果我使用這個：http：//www.owsiak.org/?p=3671並按照此處所述進行安裝：https://github.com/Albluca/rpgraph它按預期工作。 – mko

@gonzalipto，升級我的Ubuntu發行版後，我遇到了同樣的麻煩。我有一個以前的虛擬機snapshop，我已經設法重現這個問題。你能告訴我，如果你在Linux上運行它？如果是這樣，那你現在的內核版本是什麼？ – asuka

查看[相關問題]（https://stackoverflow.com/questions/44684612/rmongo-installation-fails-with-segmentation-fault-in-ubuntu），這表明它可能與安裝的Linux內核有關 – daroczig

這似乎是近期內核版本中的一個錯誤，其他涉及Java的R庫以及其他軟件也會出現同樣的問題。

參見https://lists.ubuntu.com/archives/ubuntu-devel-discuss/2017-June/017507.html和https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/linux/+bug/1698919。

此變通方法的伎倆對我來說：

export _JAVA_OPTIONS="-Xss2560k -Xmx2g"

來源

2017-07-07 13:59:17

更好的鏈接：https://github.com/s-u/rJava/issues/110 –

我在安裝以下庫時遇到了同樣的問題：vanneuler和wordnet（兩者都取決於rjava）。我解決了建議的解決方案，感謝分享。 – rlar

我經歷了同樣的問題在安裝庫vanneuler和wordnet並使用由Kenneth提出的解決方案解決了這個問題。在我的情況下，選擇-Xss2560k足以解決：

export _JAVA_OPTIONS="-Xss2560k"

另外：而不是從java選項可以直接從使用以下命令R對話設定終端運行export命令：

options(java.parameters = "-Xss2560k")

來源

2017-07-18 09:53:07 rlar

rjava依賴程序包安裝分段錯誤（核心轉儲）

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