xargs的和衛生間-c

Question

我有這樣的事情：

grep -v ">" $subfolder/assembly/contigs_1L.fasta | xargs -d \n wc >> $subfolder/N50_analysis/NC_len.txt 

有了這個，我想，從FASTA文件，刪除的標識，然後我想計算每一行該行的字符。

xargs做它應該在\ n後分裂，但它不會計數。如果我在沒有\ n的情況下做到這一點，那麼每件事都只在一條大線上。

編輯：

輸入

>C1 
AGATGATGAGGATGAGATTGACTACGATCGATCGATGCATCGATCGGCATCGATCGACTGATCGATCGATCGATCGATCGATCGTACGATCGGCTACGCGCGATCGACGCGCGCGATCGATCGATCGTCGATCGGCGCGCTACGATCG 

>C2 
AGATGATGAGGATGAGATTGACTACGATCGATCGATGCATCGATCGGCATCGATCGACTGATCGATCGATCGATCGATCGATCGTACGATCGGCTACGCGCGATCGACGCGCGCGATCGATCGATCGTCGATCGGCGCGCTACGATCG 

我只需要AGCT的序列的長度，所以我考慮不以啓動（grep的）一切>，在文件中。然後，我想單獨計算每個序列的長度，所以在最後我得到的是這樣的：

150 
100 
    . 
    . 
    . 
    Cn 

Answer 1

grep -v ">" testfile | awk '{ print length }' >> charcount.txt 

可能是你在找什麼。