與蟒蛇

Question

一些我有一個這樣的製表符分隔的文件替換丟失的數據，

Acc Pop snp1 snp2 snp3 snp4 snp5 
a1 pop1 0 1 0 1 0 
a2 pop1 0 1   0 
a3 pop1 0 1 0 0 0 
a4 pop1 0 1 0 1 0 
a5 pop1 0 1 0  0 
a6 pop1  1 0 0 0 
a7 pop1 0 1 0 0 0 
a8 pop1 0 1 0 0 0 
a9 pop1 0 1 0  
a10 pop1 0 1 0 0 1 

我需要替換所有丟失的數據「-9」。因此輸出看起來像這樣，

Acc Pop snp1 snp2 snp3 snp4 snp5 
a1 pop1 0 1 0 1 0 
a2 pop1 0 1 -9 -9 0 
a3 pop1 0 1 0 0 0 
a4 pop1 0 1 0 1 0 
a5 pop1 0 1 0 -9 0 
a6 pop1 -9 1 0 0 0 
a7 pop1 0 1 0 0 0 
a8 pop1 0 1 0 0 0 
a9 pop1 0 1 0 -9 -9 
a10 pop1 0 1 0 0 1 

這是我下面的嘗試，

import re 
infilename = 'file2.txt' 
outfilename = 'file.txt' 
regex = re.compile(r"\s+")  

with open(infilename, 'r') as infile, open(outfilename, 'w') as outfile: 
    for line in infile: 
     line = line.rstrip('\n').split('\t') 
     outfile.write(regex.sub('-9', line)) 

Answer 1

你幾乎得到了它。

當你做一個拆分，你會得到一個項目列表，所以你不能對他們做一個正則表達式。

取而代之的是遍歷列表，如果沒有設置，只需用-9替換值即可。請記住，這將替換表中的所有'空白'字段，即使是在標題中的字段也是如此。