我有一個我一直在研究的Rstudio項目。自從我上次更新Rstudio到1.0.143 - Mac OS X 10.6+（64位）後，項目無法啓動。我認爲它可能與啓動時自動加載的軟件包有關，並且出於任何原因尚未決定停止與R/Rstudio合作。 XLConnect ...如何停止在Rstudio啓動時加載的包

我試過從目錄中刪除.RData，.Rhistory和.Rproj.user。只有刪除.RData的工作和Rstudio啓動沒有問題。我似乎在目錄，我的主目錄或站點範圍的文件中都沒有任何.RProfile文件。

現在，我甚至不能因爲它有一個錯誤

R encountered a fatal error. The session was terminated.

我可以打開其他Rstudio會話沒有問題崩潰打開Rstudio會議。

當我打開一個單獨的R對話（沒有R工作室），並嘗試

load('path/to/.RData')

我收到以下錯誤信息：

*抓到段錯誤* 地址爲0x18，原因'memory not mapped'

Traceback： 1：dyn.load（file，DLLpath = DLLpath，...）

2：library.dynam（LIB，包，package.lib）

3：loadNamespace（j < - I [[1L]，C（lib.loc，.libPaths（）），versionCheck = VI [[J]]）

4：asNamespace（NS）

5：namespaceImportFrom（NS，loadNamespace（j < - I [[1L]，C（lib.loc，.libPaths（））， versionCheck = vI [[j]]），i [[2L]]，from = package）

6：loadNamespace（name）

7：doTryCatch（返程（表達式），名稱，parentenv，處理程序）

8：tryCatchOne（表達式，名稱，parentenv，處理程序[[1L]]）

9：tryCatchList（表達式，類parentenv，處理程序）

10：tryCatch（loadNamespace（名稱），誤差=函數（E）{警告（gettextf（「命名空間％s不是可用的，並已

替換\ NBY .GlobalEnv處理對象時％s「，sQuote（name）[1L]，sQuote（where）），domain = NA，調用。 => FALSE，立即。 = TRUE）.GlobalEnv}）

11：..getNamespace（C（「openxlsx」，「4.0.17」），「uwc.sel.book」）

12：負載（」 ./收存箱/ OxfordTT2017/DNAextraction_26052017/ColWork2017/Fielddata_04052016 /。RDATA「）

可能的動作：

1：中止（帶核心轉儲，如果已啓用）

2：正常ř出口

3：不保存工作空間
出口ř
4 ：退出R保存工作區

所以我正在尋找一種方法來阻止Rstudio會話加載在啓動包（我不知道爲什麼它首先做到這一點，因爲我不記得設置任何類型的RProfile ..）。

來源

2017-07-18 user2465805

不能使用對象在.RData文件所以這是我做過什麼來解決這個問題：下面

一切都在這containes的*.RProj文件的目錄。

首先，我通過在終端中運行該命令來'隱藏'.RData文件。

mv .RData ./.RData_old

接下來，我在R對話（未Rstudio）跑了這一點：

remove.packages('XLConnect', 'XLConnectJars')

然後我關上了R對話，打開了Rstudio項目，以確保它會不RDATA文件打開罰款。

之後，我得到了我的RDATA文件重新

mv .RData_old ./.RData

最後，我再次打開該項目文件和急！

它抱怨未安裝的包，但至少我知道需要哪些包。而且，我的數據和結果不會丟失。

來源

2017-07-20 17:55:02 user2465805

幸運的是，你知道在這種情況下哪些軟件包可能出錯。但是對於一般用途來說，需要一個空R的環境（無需添加包）。分享'.RData'文件並詢問其他人的幫助或安裝另一個R可能是一個好主意。 –

看來你在之前的RStudio滲入中創建了一些對象，並且他們需要某些包。當您關閉RStudio時，您的工作區被保存在.RData文件中。然後，如果再次啓動該項目，RStudio將嘗試返回上一個工作區，但這些對象需要某些包才能工作。所以你看到RStudio在啓動時加載這些軟件包。

例如，創建一個新的RStudio項目。

install.packages('phylobase') 
library(phylobase) 
mytree <- phylo4(x=matrix(data=c(4,1, 4,5, 5,2, 5,3, 0,4), ncol=2, byrow=TRUE), tip.label=c("speciesA", "speciesB", "speciesC"))

關閉該項目並重新打開它（確保保存工作區）。

R version 3.4.1 (2017-06-30) -- "Single Candle" 
... 
Type 'q()' to quit R. 

[Workspace loaded from W:/work/Git/bookdown-minimal/.RData] 

Loading required package: phylobase 
> search() 
[1] ".GlobalEnv"  "package:phylobase" "tools:rstudio"  "package:stats"  "package:graphics" 
[6] "package:grDevices" "package:utils"  "package:datasets" "package:methods" "Autoloads"   
[11] "package:base"

mytree是一個S4類對象，你可以看到，phylobase被自動加載。你可以參考S4類的文檔。

解決方案

您必須安裝所需的軟件包或放棄.RData文件。
您可以在啓動時阻止RStudio從加載包中刪除Tools→Global Options...取消選中Resotore .RData into workspace at startup。你仍然除非你做1

來源

2017-07-19 04:16:53

儘管對象需要包嗎？ ....我會考慮使用你需要包的對象，但是你肯定不需要爲沒有問題的對象加載包。 – user2465805

我已經告訴你一個例子。您需要回想一下您使用過的軟件包並安裝了遺漏的軟件包。或者你可以分享你的'.RData'文件，我找出你的。你可以把它發送給GitHub。 –

謝謝@ gitzhuoer。我不認爲openxlsx是這個問題......我非常確定R與XLConnect的java位有關係（我已經搜索了這個問題並發現了其他有類似問題的人）。我將在下面添加我的解決方案。 – user2465805

如何停止在Rstudio啓動時加載的包

回答

解決方案

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