更新現有的Rdata文件

我發現自己需要更新以前使用save創建的Rdata文件中的一個或兩個數據對象。如果我不小心加載文件，我可以忘記重新保存文件中的一些對象。作爲一個例子，我正在處理一些包含sysdata.rda（我不想導出的內部查詢表）的對象，只想更新單個對象。更新現有的Rdata文件

我還沒有設法解決，如果有一個標準的方式來做到這一點，所以創建了我自己的功能。

resave <- function (..., list = character(), file = stop("'file' must be specified")) { 
    # create a staging environment to load the existing R objects 
    stage <- new.env() 
    load(file, envir=stage) 
    # get the list of objects to be "resaved" 
    names <- as.character(substitute(list(...)))[-1L] 
    list <- c(list, names) 
    # copy the objects to the staging environment 
    lapply(list, function(obj) assign(obj, get(obj), stage)) 
    # save everything in the staging environment 
    save(list=ls(stage, all.names=TRUE), file=file) 
}

雖然看起來好像過度。有沒有更好/更簡單的方法來做到這一點？

另一方面，我是否正確地認爲函數範圍內創建的新環境在函數調用後被銷燬？

來源

2012-08-05 seancarmody

是否讓一個（或至少我:-)）奇怪爲什麼'save'沒有「append」選項。如果有一個有用的答案，我會問r-help並回到這裏。 – 2012-08-05 21:33:09

好吧，我看了：https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2006-March/101259.html給出了與@ flodel提供的答案基本相同的建議。就我個人而言，我希望看到它作爲「append = T」選項摺疊到基本'save'函數中，但這不是什麼大問題。 – 2012-08-05 21:39:09

我用'as.character（替代（list（...）））[ - 1L]'（從'save'複製）。查看郵件列表響應，使用'deparse'而不是'as.character'。這兩種方法的優點/缺點是什麼？ – seancarmody 2012-08-05 21:43:14

這裏有一個稍微較短的版本：

resave <- function(..., list = character(), file) { 
    previous <- load(file) 
    var.names <- c(list, as.character(substitute(list(...)))[-1L]) 
    for (var in var.names) assign(var, get(var, envir = parent.frame())) 
    save(list = unique(c(previous, var.names)), file = file) 
}

我把事實的load函數返回加載數據的變量名的優勢，所以我可以使用，而不是創建一個函數的環境。當使用get時，我很小心只查看調用函數的環境，即parent.frame()。

這裏是一個仿真：

x1 <- 1 
x2 <- 2 
x3 <- 3 
save(x1, x2, x3, file = "abc.RData") 

x1 <- 10 
x2 <- 20 
x3 <- 30 
resave(x1, x3, file = "abc.RData") 

load("abc.RData") 
x1 
# [1] 10 
x2 
# [1] 2 
x3 
# [1] 30

來源

2012-08-05 01:51:54 flodel

謝謝！一個問題：爲什麼'list'和'file'參數不在函數的環境中？ – seancarmody 2012-08-05 02:20:59

它們在函數的環境中，但我小心不要保存它們：請參閱我只保存'unique（c（previous，var.names））'。 – flodel 2012-08-05 02:28:48

當然。謝謝！很好的答案。 – seancarmody 2012-08-05 02:58:43

我已經在計算器包添加@ flodel的答案的重構的版本。它明確使用環境更具防禦性。

resave <- function(..., list = character(), file) { 
    e <- new.env() 
    load(file, e) 
    list <- union(list, as.character(substitute((...)))[-1L]) 
    copyEnv(parent.frame(), e, list) 
    save(list = ls(e, all.names=TRUE), envir = e, file = file) 
}

來源

2015-11-01 17:48:08

更新現有的Rdata文件

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