如何獲取rjags中的採樣時間？

Question

我已經用rjags實現了LDA模型。我順利地拿到了最後的樣本：

jags <- jags.model('../lda_jags.bug', 
       data = data, 
       n.chains = 1, 
       n.adapt = 100) 

update(jags, 2000) 

samples <- jags.samples(jags, 
     c('theta', 'phi', 'z'), 
     1000) 

現在我可以用samples$theta或samples$phi得到的theta和phi結果。但是我怎麼知道需要多長時間進行抽樣呢？謝謝！

Answer 1

As @ eipi10聲明你可以在update（）調用周圍使用system.time（）來爲R中的進程計時。或者，你可以使用runjags包來打印更新模型所用的（總）時間，包括之前所有的調用extend.jags：

library('runjags') 
results <- run.jags('../lda_jags.bug', monitor = c('theta', 'phi', 'z'), 
      data = data, n.chains = 1, adapt = 100, burnin = 2000, sample = 1000) 
results 

# or: 

jags <- jags.model('../lda_jags.bug', 
       data = data, 
       n.chains = 1, 
       n.adapt = 0) 
runjags <- as.runjags(jags, monitor = c('theta', 'phi', 'z')) 
results <- extend.jags(runjags, adapt = 100, burnin = 2000, sample = 1000) 
results 
results <- extend.jags(runjags, sample = 1000) 
results