將兩個文件中的兩個文件比較爲一個腳本

第一個腳本比較$ 3欄：

> awk -v OFS="\t" 'NR==FNR{a[$3]=$4;next}{$2=$2 "\t"(a[$2]?a[$2]:"-")}1' file1 file2

第二個腳本比較$ 2欄：

> awk -v OFS="\t" 'NR==FNR{a[$2]=$4;next}{$2=$2 "\t"(a[$2]?a[$2]:"-")}1' file1 file2

你看到一個差異
NR==FNR{a[$3]=$4;next}和
NR==FNR{a[$2]=$4;next}和
我想編寫成一個腳本，以便像

NR==FNR{a[$2 || $3]=$4}

請你能幫助我嗎？如果你想我可以共享文件和更多信息。

INPUT：文件1

chr1 11796320 11796321 MTHFR 
chr1 169549810 169549811 F5 
chr1 173917077 173917078 SERPINC1 
chr2 48962781 48962782 FSHR 
chr4 121696961 121696962 ANXA5 
chr4 121697010 121697011 ANXA5 
chr4 121697036 121697037 ANXA5 
chr4 121697055 121697056 ANXA5 
chr11 46739504 46739505 F2 
chr13 20189510 20189511 GJB2 
chr13 20189546 20189547 GJB2

文件2

chr1 11796321 G 0 WILD ADP=1026 
chr1 169549811 C 0 WILD ADP=940 
chr1 173917078 C 0 WILD ADP=501 
chr2 48962782 C T HET ADP=1665 
chr4 121696962 C T HET ADP=212 
chr4 121697011 A 0 WILD ADP=184 
chr4 121697037 T 0 WILD ADP=111 
chr4 121697037 tccc 0 INDEL AINDEL 
chr4 121697056 C 0 WILD ADP=112 
chr11 46739505 G 0 WILD ADP=202 
chr13 20189511 C 0 WILD ADP=326 
chr13 20189546 AC A INDEL ADP=164 
chr13 20189547 C 0 WILD ADP=3

OUTPUT：

chr1 11796321 MTHFR G 0 WILD ADP=1026 
chr1 169549811 F5 C 0 WILD ADP=940 
chr1 173917078 SERPINC1 C 0 WILD ADP=501 
chr2 48962782 FSHR C T HET ADP=1665 
chr4 121696962 ANXA5 C T HET ADP=212 
chr4 121697011 ANXA5 A 0 WILD ADP=184 
chr4 121697037 ANXA5 T 0 WILD ADP=111 
chr4 121697037 ANXA5 tccc 0 INDEL AINDEL 
chr4 121697056 ANXA5 C 0 WILD ADP=112 
chr11 46739505 F2 G 0 WILD ADP=202 
chr13 20189511 GJB2 C 0 WILD ADP=326 
chr13 20189546 GJB2 AC A INDEL ADP=164 
chr13 20189547 GJB2 C 0 WILD ADP=3

來源

2016-09-30 Vonton

請提供一些合理的源文件樣本和預期的輸出。 –

該語法無效且無意義。也許，如果只有'$ 2'或'$ 3'中的一個存在（相互排斥），則可行。當'$ 2'和'$ 3'都不爲空時，你想要發生什麼？ – karakfa

我添加了一個輸入文件並輸出了我想要的內容。 – Vonton

awk來救援！

$ awk 'NR==FNR{f2[$2]=f3[$3]=$4;next} 
       {k=$2; suf=((k in f2)?f2[k]:((k in f3)?f3[k]:"-")); 
       $2=k "\t" suf}1' file{1,2} 

chr1 11796321 MTHFR G 0 WILD ADP=1026 
chr1 169549811 F5 C 0 WILD ADP=940 
chr1 173917078 SERPINC1 C 0 WILD ADP=501 
chr2 48962782 FSHR C T HET ADP=1665 
chr4 121696962 ANXA5 C T HET ADP=212 
chr4 121697011 ANXA5 A 0 WILD ADP=184 
chr4 121697037 ANXA5 T 0 WILD ADP=111 
chr4 121697037 ANXA5 tccc 0 INDEL AINDEL 
chr4 121697056 ANXA5 C 0 WILD ADP=112 
chr11 46739505 F2 G 0 WILD ADP=202 
chr13 20189511 GJB2 C 0 WILD ADP=326 
chr13 20189546 GJB2 AC A INDEL ADP=164 
chr13 20189547 GJB2 C 0 WILD ADP=3

來源

2016-09-30 14:51:31 karakfa

幹得好，工作得很好。謝謝 – Vonton

另一個awk（編輯以包括$4）也許：

awk 'FNR==NR{A[$3]=$1 FS $3 FS $4;next} ($2 in A){print A[$2],$3,$4,$5,$6}' file1 file2 

chr1 11796321 MTHFR G 0 WILD ADP=1026 
chr1 169549811 F5 C 0 WILD ADP=940 
chr1 173917078 SERPINC1 C 0 WILD ADP=501 
chr2 48962782 FSHR C T HET ADP=1665 
chr4 121696962 ANXA5 C T HET ADP=212 
chr4 121697011 ANXA5 A 0 WILD ADP=184 
chr4 121697037 ANXA5 T 0 WILD ADP=111 
chr4 121697037 ANXA5 tccc 0 INDEL AINDEL 
chr4 121697056 ANXA5 C 0 WILD ADP=112 
chr11 46739505 F2 G 0 WILD ADP=202 
chr13 20189511 GJB2 C 0 WILD ADP=326 
chr13 20189547 GJB2 C 0 WILD ADP=3

來源

2016-09-30 13:13:56 Chris

但是沒有填滿4美元的列表格第一檔... – Vonton

將兩個文件中的兩個文件比較爲一個腳本

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