在Mac上安裝rJava時遇到麻煩; JNI數據類型的問題

Question

解決！

查看我的解決方案，以防萬一這個問題在未來幫助其他人。

錯誤

正如標題所述，它沒有我。我收到，當我從在'r嘗試install.packages('rJava')誤差（有一些前述好的支票）：

checking whether JNI programs can be compiled... yes 
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this. 
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’ 
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.2/site-library/rJava’ 

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修復嘗試

我已經確認並嘗試下列分辨率，沒有它的工作對我來說：

• sudo R CMD javareconf

• more detailed sudo R CMD javareconf

• export JAVA_HOME，但是在這種情況下，我沒有做LD_LIBRARY_PATH，因爲它似乎並沒有相關到Mac。

沒有這樣的運氣，有任何這些嘗試。

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我有以前安裝的正確rJava（和RJDBC）。

[編輯：我後來才發現，實際的問題是升級到OS X 10.11，埃爾卡皮坦]

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配置

$ java -version 
java version "1.8.0_45" 

> R.Version() 
$platform 
[1] "x86_64-apple-darwin15.0.0" 
$version.string 
[1] "R version 3.2.2 (2015-08-14)" 

的Mac OS本身：

System Version: OS X 10.11.1 (15B42) 

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Answer 1

我終於解決了這個鏈接，通過一個解決方案，我發現here。

新的Mac OS X（10.11，埃爾卡皮坦）與ENV變量的麻煩。

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rJava的最新開發風味管理正確處理的事情。這是我做過什麼來解決它：

1. 下載版本0.9-8（rJava_0.9-8.tar.gz）從here

2. 從下載源安裝：

   $ R CMD INSTALL〜/下載/ rJava_0。 9-8.tar.gz

（或任何你把它），這是所有

我t拿了！

Answer 2

我沒有做LD_LIBRARY_PATH，因爲它似乎並沒有相關到Mac

是的，但Mac有DYLD_LIBRARY_PATH。如果你與-ljvm鏈接，你必須有目錄libjvm.dylib在DYLD_LIBRARY_PATH。

這麼說，我發現它更方便JNI程序與-ljli（在lib/jli）聯繫起來，因爲-ljvm鏈接的程序會打開一個提示安裝蘋果自己的Java運行時，系統沒有它（至少他們前段時間在我和我們客戶的系統上做過）。

編輯：這裏是到dyld documentation