哪裏samtools二進制文件複製到某些目錄

Question

我在我的Mac OS X安裝袖釦，這裏是指令：

http://cufflinks.cbcb.umd.edu/tutorial.html

在安裝SAM工具我按照以下

的說明

1. 下載的SAM工具
2. 拆開SAM工具壓縮包和CD的SAM工具的源目錄。
3. 通過在命令行鍵入make來構建SAM工具。
4. 選擇您想要複製SAM工具二進制文件，包含的庫libbam.a和庫標頭的目錄。常見的選擇是/ usr/local /。
5. 複製libbam.a你在上面選擇的文件夾中的lib /目錄（例如，/ usr/local/lib目錄/）
6. 創建一個名爲 「咣噹」，在包括/目錄目錄（例如，/ usr /本地/包括/ BAM）
7. 複製標題（.H結尾的文件）到你上面創建的包括/ BAM目錄（例如，/ usr /本地/包括/ BAM）
8. 複製samtools二進制一些目錄中的PATH。

我已經做了拳頭7個步驟，但我不知道如何與最後一步進行（＃8）：我應該用命令：

sudo cp -a samtools-0.1.18 /usr/local/ 

或者到一些其他目錄？步驟8中的PATH表示什麼？謝謝！

Answer 1

爲了回答你的問題，我將介紹一些基本的linux知識，這些知識幫助我瞭解二進制文件和它們的位置。

在linux中，可以通過輸入二進制文件的完整路徑來運行二進制文件，二進制文件將運行。例如，如果我在/usr/local/bin中有一個名爲foo的二進制文件，我將運行命令/usr/local/bin/foo並運行foo二進制文件。

PATH的用途是一種快捷方式，因此您無需鍵入二進制文件的完整路徑，只需鍵入二進制文件的名稱即可。 PATH是一個變量，它包含所有具有要應用快捷方式的二進制文件的目錄。所以，參考前面的例子，如果/usr/local/bin在我的PATH變量中，那麼我可以運行foo。

因此，要回答您的問題，您可以通過運行命令echo $PATH來確定PATH中的哪些目錄，並且如果其中一個目錄是samtools二進制文件的目錄，那麼您的好！如果沒有，您可以將samtools二進制文件移動到其中一個目錄中，以便您不必在每次運行二進制文件時都放置完整路徑。