2013-05-29 174 views
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我想通過文件目錄將一組匹配的文件與For循環結合使用。Bash For Loop具有多個輸入文件的相同名稱

這些文件看起來像samename.csfasta和samename.qual,只有擴展名不同。

要執行的命令的程序是:

solid2fastq samename.csfasta samename.qual -o samename 

我一直在尋找一個例子在線,但還沒有找到一個。

如果只有一個輸入:

for f in $FILES 
do 
    echo "Processing $f file....." 
    solid2fastq $f -o $f 

done 

TIA

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我不明白。腳本的輸入是什麼樣的?什麼是$ FILES? –

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因此,在腳本的開頭,我將它指向文件夾。文件=〜/文件夾/文件夾/ *我沒有包括那個抱歉。使用pipi的答案,我用腳本中的文件進入目錄。 –

回答

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如果文件(.cfasta.qual)耦合然後如下代碼

FILES=(*.csfasta) 
for f in "${FILES[@]}" 
do 
    base=$(basename "$f" .csfasta) 
    echo "Processing $f file....." 
    solid2fastq "$f" "${base}.qual" -o "$base" 
done 

應該是有用的。

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甜!謝謝gipi。它的工作! –

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