從其他號碼的網站中提取數字列

生物化學家/生物信息學使用此網站（http://dgpred.cbr.su.se/index.php?p=TMpred）。進入蛋白質序列後，你會得到這樣的事情：從其他號碼的網站中提取數字列

http://dgpred.cbr.su.se/analyze.php?with_length=on&seq=RGFTPLQWECVMASDFGHH

一些數據在頂部和底部，並在中間的4列，其中第四是我們想要的數據。我想從第四列（對於很多蛋白質序列）中取出這些數字並放入Excel中。

我目前的工作流程（Mac OS X）是將所有內容複製到RTF格式的文本編輯器中，然後拖動數字（以便只選擇第四列的數字），然後執行我的AppleScript ：

do shell script "pbpaste | sed 's/[^0-9.-]//g' | pbcopy" 
do shell script "pbpaste | sed '/^$/d' | pbcopy"

我在正則表達式僅僅初學者，但這種成功給我留下了由換行符分隔的數字，準備一個漂亮的名單被粘貼到Excel中。

什麼是真正的甜蜜是溝文本編輯步驟，只是讓正則表達式直接從網站採取數字。但是，這超出了我的水平。任何人都可以幫助我嗎？即，只能從第4列

來源

2013-01-12 Johan

所以你想提取'Delta G aa（i）應用程序列，對不對？ – 2013-01-12 21:28:04

這是正確的 – Johan

選擇號碼。當我複製這個數據我得到這樣的結果：在每個奇數行

R 1 -9.00   
     +0.03 
G 2 -8.00   
     +0.36 
F 3 -7.00  
-0.26

3列，從一個[A-Z]，你想在那麼數據後續的行。你想

號碼有兩種形式：

^\t {3}([-+][0-9]+\.[0-9]{2})$ //for the red numbers

和：

^([-+][0-9]+\.[0-9]{2}) {3}\t$ //the green numbers

您可以提取這兩種類型是這樣的：

^(\t {3})?([-+][0-9]+\.[0-9]{2})({3}\t)?$

第二捕獲組，([-+][0-9]+.[0-9]{2})是您所在的內容：

s/^(\t {3})?([-+][0-9]+\.[0-9]{2})({3}\t)?$/$2/g

而不是Applescript，考慮BBEdit或Textwrangler，您可能會發現更容易使用。

把這個在搜索領域：

\r[A-Z].*\r(\t {3})?([-+][0-9]+.[0-9]{2})({3}\t)?$

，這在替換：

\ r \ 2

選擇「全部替換」

如何作品

在BBE/TW

重要細節，捕捉的羣體被稱爲\ 1 \ 2 \ 3，而不是$ 1，$ 2，$ 3 ...

來源

2013-01-12 21:43:23 foundry

哇你很擅長這個。不幸的是，我不是。我可以問你是怎麼做到的？我嘗試製作一個applescript（我知道在剪貼板上運行正則表達式的唯一方法）'do shell script「pbpaste | sed's/^（\ t {3}）？（[ - +] [0-9] + \。[0-9] {2}）（{3} \ t）$/$ 2/g'| pbcopy「'但它給了我一個語法錯誤 – Johan

我不知道applescript - 它會運行或者在BBEdit的搜索字段中。您可能會喜歡BBEdit的縮減版本，[Textwrangler]（http://www.barebones.com/products/textwrangler/index.html） - 我認爲它是免費的。它會對文件批處理進行grep搜索和搜索。 – foundry

@ user1461829，請參閱我的最新答案，以及BBEdit/Textwrangler使用的精確說明 – foundry

我注意到，瀏覽器複製表不同。當我想從網頁複製表格數據時，我傾向於嘗試使用IE/Chrome/Opera瀏覽器，因爲 - 至少在Windows上 - 我可以直接將複製的表格直接粘貼到Excel中，並保留所有列。另一方面，Firefox往往會把桌面搞亂。

使用Opera複製有問題的表格並從單元格A1粘貼到Excel中，我得到F列中的所有綠色數字和H列中的紅色。然後，在行1右側的列中鍵入以下公式並拖動單元格的角落以複製下一行：

=IF(AND(ISBLANK(F1), ISBLANK(H1)), "", IF(ISBLANK(F1), H1, F1))

現在在這個新列中我看到了數據。我可以在原始數據頂部粘貼一個新表格，並將公式重新計算到右側。（其他瀏覽器的實際列可能不同）。

我承認這不是一個完全自動化的解決方案，但我發現這種方法在很多情況下都快速有用，我認爲它值得分享。而座右銘：如果起初您的瀏覽器選擇不正確，請嘗試另一種！

來源

2013-01-12 23:22:01 wardies

真的很欣賞那個配方。在這種情況下，對我來說這不是理想的解決方案，但是我有很多類似的情況，這個公式適合我完美。謝謝！ – Johan

從其他號碼的網站中提取數字列

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